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- PDB-3opy: Crystal structure of Pichia pastoris phosphofructokinase in the T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3opy
タイトルCrystal structure of Pichia pastoris phosphofructokinase in the T-state
要素
  • 6-phosphofructo-1-kinase alpha-subunit
  • 6-phosphofructo-1-kinase beta-subunit
  • 6-phosphofructo-1-kinase gamma-subunit
キーワードTRANSFERASE / phosphofructokinase / ATP Binding / Fructose-6-phosphate Binding / Magnesium Binding / Citrate Binding / ADP Binding / Fructose-2 / 6-bisphosphate Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / monosaccharide binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / AMP binding / glycolytic process ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / monosaccharide binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / AMP binding / glycolytic process / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 - #90 / Rossmann fold - #11920 / Pichia pastoris 6-phosphofructokinase, gamma subunit / Pichia pastoris 6-phosphofructokinase, gamma subunit superfamily / ATP-dependent 6-phosphofructokinase subunit gamma, C-terminal / Phosphofructokinase, N-terminal domain / Phosphofructokinase N-terminal domain yeast / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, eukaryotic-type / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site ...2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 - #90 / Rossmann fold - #11920 / Pichia pastoris 6-phosphofructokinase, gamma subunit / Pichia pastoris 6-phosphofructokinase, gamma subunit superfamily / ATP-dependent 6-phosphofructokinase subunit gamma, C-terminal / Phosphofructokinase, N-terminal domain / Phosphofructokinase N-terminal domain yeast / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, eukaryotic-type / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP-dependent 6-phosphofructokinase subunit gamma / ATP-dependent 6-phosphofructokinase subunit alpha / ATP-dependent 6-phosphofructokinase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pichia pastoris (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Strater, N. / Marek, S. / Kuettner, E.B. / Kloos, M. / Keim, A. / Bruser, A. / Kirchberger, J. / Schoneberg, T.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2011
タイトル: Molecular architecture and structural basis of allosteric regulation of eukaryotic phosphofructokinases.
著者: Strater, N. / Marek, S. / Kuettner, E.B. / Kloos, M. / Keim, A. / Bruser, A. / Kirchberger, J. / Schoneberg, T.
履歴
登録2010年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphofructo-1-kinase alpha-subunit
B: 6-phosphofructo-1-kinase beta-subunit
C: 6-phosphofructo-1-kinase alpha-subunit
D: 6-phosphofructo-1-kinase beta-subunit
E: 6-phosphofructo-1-kinase alpha-subunit
F: 6-phosphofructo-1-kinase beta-subunit
G: 6-phosphofructo-1-kinase alpha-subunit
H: 6-phosphofructo-1-kinase beta-subunit
I: 6-phosphofructo-1-kinase gamma-subunit
J: 6-phosphofructo-1-kinase gamma-subunit
K: 6-phosphofructo-1-kinase gamma-subunit
L: 6-phosphofructo-1-kinase gamma-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,022,78881
ポリマ－1,014,51512
非ポリマー8,27369
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area92490 Å2
ΔGint-1393 kcal/mol
Surface area305400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.658, 188.303, 231.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Asymmetric unit contains a complete biological assembly

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要素

#1: タンパク質
6-phosphofructo-1-kinase alpha-subunit


分子量: 108929.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pichia pastoris (菌類) / 株: DSMZ 70382 / 参照: UniProt: Q8NJU8, 6-phosphofructokinase
#2: タンパク質
6-phosphofructo-1-kinase beta-subunit


分子量: 103853.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pichia pastoris (菌類) / 株: DSMZ 70382 / 参照: UniProt: Q8TGA0, 6-phosphofructokinase
#3: タンパク質
6-phosphofructo-1-kinase gamma-subunit


分子量: 40845.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pichia pastoris (菌類) / 株: DSMZ 70382 / 参照: UniProt: A7MAS3, 6-phosphofructokinase
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.55 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 1 microliter of protein + 1 microliter of reservoir using streak seading, protein: 1mg/mL PFK, 10mM imidazol, 5mM mercaptoethanol, 10% glycerol, 10mM ATP, pH 7.0; reservoir: 0.7M ammonia ...詳細: 1 microliter of protein + 1 microliter of reservoir using streak seading, protein: 1mg/mL PFK, 10mM imidazol, 5mM mercaptoethanol, 10% glycerol, 10mM ATP, pH 7.0; reservoir: 0.7M ammonia sulfate, 0.1M sodium citrate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月13日 / 詳細: Double crystal monochromator with 2 sets of mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→29.8 Å / Num. obs: 262877 / % possible obs: 53.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 97.5 % / Biso Wilson estimate: 75.78 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8802 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8458 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 12864 5.03 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
all0.247 617625 --
obs0.2019 255838 --
原子変位パラメータBiso mean: 68.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.4997 Å20 Å2-1.0224 Å2
2--9.7517 Å20 Å2
3---3.748 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.529 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数64576 0 449 0 65025
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d22308SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1608HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes9720HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it66060HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion16HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion8988SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact76198SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d66060HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg89582HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.51
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 947 4.97 %
Rwork0.2266 18092 -
all0.2286 19039 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1884-0.2507-0.95051.6985-1.27511.50760.09760.5690.07720.02-0.1719-0.0845-0.50010.05990.07440.01240.2455-0.03230.25490.2325-0.4385-13.02365.2786-39.4613
20.92480.0872-0.0730.93670.0620.80020.0762-0.07460.03710.0469-0.0119-0.30940.05940.1859-0.0643-0.2620.0181-0.1279-0.1391-0.026-0.1301-5.988-13.069628.5155
30.00030.5938-0.01044.50431.16062.67420.01140.2827-0.6360.1197-0.0197-0.12240.38290.07150.00820.09010.0953-0.02550.0278-0.4054-0.3142-59.8734-23.6023-36.8957
41.4245-0.075-0.30690.7416-0.01130.93930.0390.3377-0.3226-0.1557-0.0729-0.05630.1013-0.03620.0339-0.21440.0683-0.0774-0.2084-0.1365-0.1391-18.9168-30.1707-1.2732
51.61730.3208-0.03651.5585-0.23081.32240.118-0.1977-0.10770.1674-0.04950.32210.1459-0.2966-0.0685-0.2044-0.0969-0.1103-0.1466-0.0904-0.0549-66.8353-37.204428.0454
61.12090.16950.62661.69411.67571.47950.12660.656-0.2439-0.0154-0.23540.30850.6496-0.03030.1088-0.03680.1146-0.02860.344-0.163-0.3482-67.7727-6.5915-39.4107
71.2270.050.16480.9112-0.01480.76390.0768-0.1126-0.0320.1137-0.02890.2712-0.0771-0.2239-0.048-0.25030.00280.0177-0.12210.0484-0.1408-75.068712.805228.2469
81.18661.8078-0.47474.00341.01894.07230.06890.05050.7818-0.07720.03030.2068-0.3755-0.0684-0.09920.10160.18540.06220.07040.3947-0.3369-21.05422.2062-37.2977
91.34750.01690.28770.6512-0.03481.00140.01890.3570.3254-0.101-0.05270.0854-0.080.03240.0339-0.23210.0594-0.0235-0.19870.1283-0.1124-62.00929.4658-1.8076
102.08890.0211-0.23941.3439-0.02091.25340.1029-0.15520.03560.21-0.03-0.2682-0.06750.2664-0.0729-0.2041-0.0857-0.0341-0.15690.0562-0.0763-14.17336.817527.5284
112.28620.5836-0.2720.78190.62161.22810.0698-0.0257-0.1024-0.0438-0.11820.2376-0.1715-0.06980.04840.1071-0.03010.01590.5838-0.1502-0.4291-67.875-6.5488153.8845
120.9355-0.1966-0.15730.5826-0.09050.6734-0.0827-0.1449-0.18260.01430.060.37680.121-0.13980.02260.0543-0.156-0.04690.23440.14410.0641-65.0857-27.157686.2498
133.1180.23950.03494.9612-0.282.87430.02220.0588-0.65910.046-0.1715-0.19060.36390.00460.14920.1666-0.0504-0.08950.28590.332-0.411-13.1608-10.096152.0457
141.33580.0929-0.16770.6740.35120.8167-0.0582-0.6112-0.40570.2253-0.06160.00640.16670.05330.11980.1358-0.0479-0.04980.42630.3468-0.0916-45.8462-35.6323116.4215
152.0003-0.1252-0.12551.321-0.22012.38460.064-0.17840.0617-0.0696-0.001-0.26720.03690.4001-0.0631-0.1669-0.0418-0.1197-0.0210.0575-0.2953-0.0532-20.149586.6654
162.6561-0.01610.65261.3843-0.94451.90450.0505-0.26910.1188-0.0788-0.2799-0.29430.1730.06170.22950.0791-0.0704-0.11140.42580.2369-0.4103-13.56058.6634153.851
170.7834-0.22870.28940.66990.18710.7189-0.1247-0.0880.08590.01420.1752-0.3187-0.15030.0082-0.05040.1364-0.1448-0.0890.1742-0.1085-0.0036-16.11327.782685.7703
182.6263-1.3430.01384.82420.64534.4270.01280.23220.6434-0.0116-0.06560.017-0.35560.0210.05270.22570.00820.07640.2845-0.2312-0.3333-68.49612.5734151.6128
191.14530.31880.23210.6521-0.07160.8645-0.0723-0.42540.23540.1119-0.07360.1072-0.1665-0.31910.14590.1610.0133-0.12590.2989-0.1797-0.1633-35.333237.0371115.6783
201.7423-0.60490.55281.80030.15972.258-0.0366-0.2424-0.06790.00030.0770.42530.0061-0.457-0.0405-0.3275-0.0143-0.05950.1615-0.0253-0.2807-81.229620.853186.5841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|5 - 186}A5 - 186
2X-RAY DIFFRACTION2{A|208 - 989}A208 - 989
3X-RAY DIFFRACTION3{B|5 - 155}B5 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4{B|180 - 941}B180 - 941
5X-RAY DIFFRACTION5{I|5 - 351}I5 - 351
6X-RAY DIFFRACTION6{C|5 - 186}C5 - 186
7X-RAY DIFFRACTION7{C|208 - 989}C208 - 989
8X-RAY DIFFRACTION8{D|5 - 155}D5 - 155
9X-RAY DIFFRACTION9{D|180 - 941}D180 - 941
10X-RAY DIFFRACTION10{J|5 - 351}J5 - 351
11X-RAY DIFFRACTION11{E|5 - 186}E5 - 186
12X-RAY DIFFRACTION12{E|208 - 989}E208 - 989
13X-RAY DIFFRACTION13{F|5 - 155}F5 - 155
14X-RAY DIFFRACTION14{F|180 - 941}F180 - 941
15X-RAY DIFFRACTION15{K|5 - 351}K5 - 351
16X-RAY DIFFRACTION16{G|5 - 186}G5 - 186
17X-RAY DIFFRACTION17{G|208 - 989}G208 - 989
18X-RAY DIFFRACTION18{H|5 - 155}H5 - 155
19X-RAY DIFFRACTION19{H|180 - 941}H180 - 941
20X-RAY DIFFRACTION20{L|5 - 351}L5 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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