[日本語] English
万見
- PDB-3opm: Crystal Structure of Human DPP4 Bound to TAK-294 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3opm
タイトルCrystal Structure of Human DPP4 Bound to TAK-294
要素Dipeptidyl peptidase 4
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protease and 8-bladed beta-propeller domain / Aminopeptidase / Cell membrane / Glycoprotein / Hydrolase / Membrane / Protease / Secreted / Serine protease / Signal-anchor / Transmembrane / SIGNALING PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / psychomotor behavior / dipeptidyl-peptidase IV / intercellular canaliculus / chemorepellent activity / dipeptidyl-peptidase activity ...glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / psychomotor behavior / dipeptidyl-peptidase IV / intercellular canaliculus / chemorepellent activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide hormone processing / locomotory exploration behavior / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / endothelial cell migration / behavioral fear response / aminopeptidase activity / T cell costimulation / T cell activation / serine-type peptidase activity / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / lamellipodium / virus receptor activity / protease binding / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / response to hypoxia / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LUI / Dipeptidyl peptidase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Yano, J.K. / Aertgeerts, K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Identification of 3-aminomethyl-1,2-dihydro-4-phenyl-1-isoquinolones: a new class of potent, selective, and orally active non-peptide dipeptidyl peptidase IV inhibitors that form a ...タイトル: Identification of 3-aminomethyl-1,2-dihydro-4-phenyl-1-isoquinolones: a new class of potent, selective, and orally active non-peptide dipeptidyl peptidase IV inhibitors that form a unique interaction with Lys554.
著者: Banno, Y. / Miyamoto, Y. / Sasaki, M. / Oi, S. / Asakawa, T. / Kataoka, O. / Takeuchi, K. / Suzuki, N. / Ikedo, K. / Kosaka, T. / Tsubotani, S. / Tani, A. / Funami, M. / Tawada, M. / ...著者: Banno, Y. / Miyamoto, Y. / Sasaki, M. / Oi, S. / Asakawa, T. / Kataoka, O. / Takeuchi, K. / Suzuki, N. / Ikedo, K. / Kosaka, T. / Tsubotani, S. / Tani, A. / Funami, M. / Tawada, M. / Yamamoto, Y. / Aertgeerts, K. / Yano, J. / Maezaki, H.
履歴
登録2010年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,36424
ポリマ－343,1044
非ポリマー5,26020
水9,116506
1
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子

C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,36424
ポリマ－343,1044
非ポリマー5,26020
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area14860 Å2
ΔGint40 kcal/mol
Surface area117390 Å2
手法PISA
2
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,74415
ポリマ－171,5522
非ポリマー3,19213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area58760 Å2
手法PISA
3
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,6209
ポリマ－171,5522
非ポリマー2,0687
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area59050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.771, 122.557, 144.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Dipeptidyl peptidase 4 / Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T-cell activation antigen CD26 / TP103 / Adenosine deaminase ...Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T-cell activation antigen CD26 / TP103 / Adenosine deaminase complexing protein 2 / ADCP-2 / ADABP


分子量: 85775.945 Da / 分子数: 4 / 断片: DPP4 / 変異: N-terminal His tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCP2, CD26, DPP4 / プラスミド: pFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27487, dipeptidyl-peptidase IV
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-LUI / 2-{[3-(aminomethyl)-2-(2-methylpropyl)-1-oxo-4-phenyl-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl]oxy}acetamide / TAK-285 / イソキノロンB


分子量: 379.452 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N3O3
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化温度: 277 K
詳細: 23.6% PEG MME 2000, 100 mM Bicine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
PH範囲: 8-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 92 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月9日
放射モノクロメーター: SI (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→50 Å / Num. obs: 100745 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.72→2.77 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / % possible all: 82.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.91 Å48.23 Å
Translation2.91 Å48.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 28.408 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25447 5038 5 %RANDOM
Rwork0.19456 ---
obs0.19749 95647 97.5 %-
all-103161 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.799 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23857 0 350 506 24713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02224927
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.94433920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.844340110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64752907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88923.9551234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.362153984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.47615119
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.23588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0227646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.21018
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0550.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2060.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2921.514503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0531.55872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.556223528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.847310424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3744.510392
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.722→2.792 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 311 -
Rwork0.318 6015 -
obs--83.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20880.21510.49270.5909-0.20821.5177-0.0288-0.49490.37830.3017-0.00310.2982-0.092-0.46820.03190.19550.04370.10520.4517-0.090.22344.701-34.73428.661
22.30390.28230.39271.00010.07721.4754-0.10740.22860.3463-0.19310.08510.0856-0.004-0.08450.02220.04560.0102-0.02870.2070.02980.073222.294-30.0073.235
32.35710.47650.13750.6788-0.56431.0716-0.1121-0.2473-0.1337-0.10060.0563-0.30690.30820.20650.05580.17370.1137-0.07340.4174-0.15410.26274.363-32.91226.96
42.07090.2665-0.1821.23920.04631.2526-0.1051-0.01130.6605-0.07330.0995-0.0237-0.22860.06260.00560.05590.0071-0.0480.1731-0.05440.310555.371-12.68512.618
52.59160.6959-0.26641.65430.4350.9510.1872-0.51480.52460.24-0.38420.8512-0.1492-0.6330.1970.3225-0.05010.18250.7758-0.31080.5006-34.97538.80352.75
62.86810.9631-0.07011.75720.16741.1750.2415-0.1891-0.54890.1808-0.23380.20440.3471-0.2682-0.00770.221-0.0903-0.00030.2308-0.01540.2767-20.96214.25739.561
73.3888-0.0719-0.86210.42320.49111.36490.0649-0.7191-0.19890.22760.0297-0.19820.18870.6189-0.09470.2172-0.0011-0.09690.61860.01840.169133.8132.24940.905
82.82710.1676-0.2990.7690.17931.48830.09360.4561-0.4255-0.1236-0.0774-0.01780.20410.1282-0.01630.12320.0941-0.03080.2563-0.1040.078910.9324.920.716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A61 - 495
2X-RAY DIFFRACTION2A497 - 766
3X-RAY DIFFRACTION2A1
4X-RAY DIFFRACTION3B61 - 495
5X-RAY DIFFRACTION4B497 - 766
6X-RAY DIFFRACTION4B1
7X-RAY DIFFRACTION5C61 - 495
8X-RAY DIFFRACTION6C497 - 766
9X-RAY DIFFRACTION6C1
10X-RAY DIFFRACTION7D61 - 495
11X-RAY DIFFRACTION8D497 - 766
12X-RAY DIFFRACTION8D1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る