PDB-3opk: Crystal structure of divalent-cation tolerance protein CutA from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3opk

タイトル

Crystal structure of divalent-cation tolerance protein CutA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2

要素

Divalent-cation tolerance protein cutA

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CutA / divalent ions binding

機能・相同性

機能・相同性情報

response to metal ion / copper ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Nocek, B. / Mulligan, R. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of divalent-cation tolerance protein CutA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2
著者: Nocek, B. / Mulligan, R. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3opk.cif.gz	147.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3opk.ent.gz	118.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3opk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3opk_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3opk_full_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示
XML形式データ	3opk_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	3opk_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3opk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3opk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gsdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x1e-1 2x1c-1 6ekw-d 6vp5-2 6eky-d 3htw-d 3ur8-1 4qa1-1 4qa2-2 4tuf-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01083

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Divalent-cation tolerance protein cutA

B: Divalent-cation tolerance protein cutA

C: Divalent-cation tolerance protein cutA

ヘテロ分子

39.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.333, 107.925, 52.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Divalent-cation tolerance protein cutA 分子量: 12963.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: cutA, STM4324 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q7CPA2
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8 M sodium Acetate, 10mM ADP, 1mM Magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 28230 / Num. obs: 28212 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GSD

3gsd

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 6.975 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21867	1413	5 %	RANDOM
R_work	0.17523	-	-	-
all	0.18	27030	-	-
obs	0.17744	26615	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.591 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2561	0	10	148	2719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.867	1.987	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.341	3	4085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.649	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.468	26.289	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.021	15	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.734	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	435
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.146	1.5	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.309	1.5	669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.977	2	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.235	3	922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.061	4.5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	89	-
R_work	0.252	1837	-
obs	-	-	94.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5367	3.2449	-0.9596	5.055	-0.1093	0.8732	0.0883	-0.2013	-0.0829	0.1396	-0.0802	0.0118	0.0186	0.0103	-0.0081	0.2472	0.0084	-0.0231	0.2702	0.0007	0.2604	39.3777	21.1507	65.2566
2	5.6427	1.8304	-1.199	0.9443	-1.6154	4.8675	0.1809	-0.1587	-0.2096	0.1436	-0.2491	-0.0878	-0.3381	0.2925	0.0682	0.2613	-0.0465	-0.0171	0.3001	0.0247	0.3121	52.0773	29.1436	67.5063
3	3.1512	1.9632	-2.7851	5.1946	-5.1409	10.5287	0.1202	-0.2052	0.2834	0.4061	-0.1269	0.3052	-0.6145	0.093	0.0067	0.3155	-0.0325	-0.0016	0.2965	0.0023	0.258	46.1758	27.9191	74.6502
4	1.5239	-0.6421	-0.6666	2.282	-2.2966	3.1591	-0.1316	-0.0737	-0.1734	0.2502	0.0482	0.0659	-0.1375	0.0184	0.0834	0.3164	-0.0247	0.0123	0.2939	-0.0057	0.2081	41.4488	22.3718	78.3913
5	1.4228	1.1677	-1.5061	0.9248	-1.1944	2.4001	-0.0115	-0.0842	-0.0467	-0.0025	-0.0656	-0.0796	0.0303	0.0462	0.0771	0.2674	0.0118	-0.0106	0.2642	0.0034	0.2764	48.2854	21.6047	63.8528
6	8.8412	-2.6794	2.4464	6.1906	-4.2009	2.703	-0.4655	0.2432	0.343	0.59	0.37	-0.0023	-0.4916	-0.0859	0.0955	0.3438	0.0366	-0.0616	0.2553	0.0353	0.2959	40.726	36.3531	49.3999
7	24.1667	-8.3104	12.518	3.6408	-4.3239	6.3775	-0.4625	-0.0242	0.5606	0.3993	0.2101	0.0688	-0.3377	-0.0257	0.2524	0.3155	0.057	0.03	0.2027	0.0831	0.321	45.0384	37.5951	49.1279
8	2.7801	3.0458	-2.6083	3.3836	-2.4735	3.1846	0.1044	-0.0175	-0.0311	0.0963	-0.0704	-0.0299	-0.0622	-0.0497	-0.0339	0.2507	0.0017	-0.0063	0.2697	0.0073	0.2723	44.3912	23.274	63.7519
9	1.761	1.561	-0.6895	3.5144	-0.8653	1.7064	0.0846	-0.0496	0.0202	0.1882	-0.0863	0.0842	-0.0961	-0.1471	0.0017	0.2691	0.0011	0.0101	0.2887	-0.0173	0.2569	33.6984	23.9333	72.2522
10	6.2578	1.9797	1.7883	4.3492	-1.523	1.1881	0.0327	-0.2138	0.0662	0.1489	-0.1706	-0.0935	-0.1007	-0.0121	0.1379	0.2829	-0.0077	-0.0085	0.2612	-0.0381	0.2541	41.2723	34.5647	68.8117
11	7.9236	3.3854	3.5889	4.0034	0.3709	1.5086	-0.0312	-0.1385	0.1722	-0.009	-0.0816	-0.1611	0.0038	-0.069	0.1128	0.2436	-0.0023	0.0014	0.2747	-0.0114	0.2763	37.3639	32.7506	63.3693
12	0.6988	-0.9751	0.661	1.4266	-0.3557	0.7557	0.0568	-0.0209	0.0113	0.0065	-0.0821	-0.0564	0.1044	-0.0926	0.0253	0.2681	-0.0062	0.0213	0.2457	0.0308	0.3197	35.4424	11.0329	64.2069
13	0.3763	-0.331	-1.6998	8.0625	3.1232	4.6384	0.1387	-0.0406	0.0359	0.3391	-0.1071	0.4291	-0.0974	0.121	-0.0315	0.3563	-0.02	0.0505	0.2622	0.0228	0.2423	39.4751	10.6706	75.8888
14	5.1813	-3.8789	-2.8273	2.6342	2.3649	7.9278	-0.3	0.1143	-0.8055	0.2102	-0.1021	0.3529	0.0847	-0.6831	0.4021	0.2523	0.017	0.0225	0.2233	0.0072	0.4571	18.514	14.1929	55.6684
15	1.4762	0.2963	0.9325	3.1681	0.1081	0.2282	-0.0567	0.1778	-0.0272	0.2179	0.1141	0.0496	0.0246	0.0733	-0.0574	0.2709	-0.0225	0.0096	0.2629	0.0163	0.2892	26.9517	10.1694	54.5812
16	1.7529	0.5669	1.3135	1.1781	0.5376	0.8825	0.0022	0.0213	-0.1282	0.0552	0.0638	-0.2255	0.0094	-0.0048	-0.066	0.2592	-0.0095	0.0064	0.2363	0.015	0.3189	50.9373	4.7644	57.5977
17	1.3671	0.7428	0.9074	2.2954	0.906	2.2503	-0.0717	0.1453	-0.0546	-0.196	0.1691	0.178	-0.0473	0.1379	-0.0974	0.259	-0.0012	0.0119	0.2554	-0.0061	0.2782	46.1246	3.214	50.8977
18	0.2642	-0.8294	-1.9878	1.4555	3.4309	8.3065	0.0092	-0.0407	-0.0102	-0.0445	0.0799	-0.1213	-0.1413	0.021	-0.0891	0.2762	0.0067	-0.001	0.302	0.0103	0.2527	53.6456	16.2276	61.1722
19	-0.1691	0.3719	0.1124	-0.2832	3.1929	15.3549	-0.1467	-0.1753	0.064	0.0725	-0.0233	0.0174	0.7662	0.3103	0.17	0.4	0.1267	-0.0446	0.5086	0.0222	0.1782	50.4772	15.7624	78.4746
20	15.8136	-9.1668	-3.2998	7.5604	10.8722	22.5583	-0.4002	-0.8952	0.0868	0.1818	0.7195	-0.161	0.6206	1.0487	-0.3194	0.354	0.0266	-0.032	0.2736	0.0434	0.2506	55.4932	16.3134	71.2006
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25	1.4564	-1.0512	-1.4807	2.6692	0.8438	1.0667	0.0249	0.1563	0.0321	-0.1435	0.0245	0.0341	0.0037	-0.1807	-0.0493	0.2803	-0.0252	-0.0281	0.3212	-0.0223	0.2273	34.2544	11.0958	44.8376
26	1.9625	-1.3371	1.2159	6.6639	-3.6234	1.8806	-0.1288	0.0006	-0.3215	-0.0786	0.1541	-0.0323	0.027	-0.1314	-0.0252	0.2891	-0.0227	0.0182	0.2593	-0.0341	0.2908	39.7874	1.5372	45.4082
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28	3.2587	-0.1588	-3.5064	0.858	-0.03	3.595	-0.194	-0.0307	0.0878	0.0257	0.2457	0.0928	0.2158	-0.0195	-0.0517	0.2456	0.0275	-0.0008	0.3021	0.0005	0.2858	23.5066	22.2158	61.3218
29	3.4075	-0.1917	-2.6377	1.5	-0.859	2.2945	-0.1226	0.2034	-0.1834	-0.014	0.0171	0.0946	0.1381	-0.1018	0.1056	0.2717	-0.0149	-0.0109	0.2866	-0.0163	0.2533	44.3251	17.8558	46.6822
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32	0.39	-0.1316	-0.207	5.3544	2.4172	2.3783	-0.038	0.0433	-0.1835	0.0047	-0.1989	-0.0235	-0.0325	0.0425	0.2368	0.2635	-0.0038	0.0171	0.2494	-0.021	0.303	52.3745	13.7774	49.9145
33	13.2619	11.6305	13.3679	11.9805	3.1962	11.1671	-2.0683	-1.7399	-1.2876	-2.703	0.5509	-1.8034	-1.178	-1.9692	1.5173	0.4143	-0.0454	0.2548	0.2108	-0.1131	0.9317	53.0403	0.5767	43.7445
34	5.1807	-4.3146	-3.62	11.4096	2.9672	1.596	-0.0987	0.3657	-0.1954	-0.1784	-0.0383	-0.3278	0.0405	-0.2722	0.1371	0.3476	0.0193	-0.0054	0.2416	-0.0422	0.285	55.1317	13.9487	46.8653
35	8.5467	-3.0477	-0.3712	1.4731	0.6784	0.6205	-0.1357	-0.0956	0.1248	0.0179	0.1667	-0.0978	-0.0553	0.0389	-0.031	0.2652	-0.0071	0.0088	0.2683	0.0007	0.2787	39.1498	22.9149	50.7422
36	2.4303	0.248	-1.3951	0.3923	0.2229	1.0173	-0.0436	0.0981	-0.1031	-0.0469	0.0002	-0.007	-0.0158	-0.0306	0.0433	0.2673	-0.0036	0.0096	0.2757	0.0038	0.2592	36.4199	20.0665	40.8577
37	12.2818	0.1728	-10.8033	4.7427	4.8991	13.5247	-0.1869	-0.0111	-0.2396	-0.181	0.1334	-0.0748	0.1025	0.0536	0.0535	0.3113	-0.0037	-0.0368	0.2406	0.0114	0.2907	41.8382	12.8314	40.8922
38	0.0287	0.2153	0.1451	1.5162	0.4665	0.5162	-0.0273	-0.0102	0.0127	0.0986	0.0496	0.0719	0.0755	0.0889	-0.0222	0.2709	0.016	-0.0096	0.273	-0.0185	0.2678	31.7443	21.2013	58.8126
39	1.7835	-0.4527	0.9243	0.9651	-0.6062	1.5172	0.0188	0.099	0.1474	0.014	-0.0361	0.003	0.0982	0.0499	0.0172	0.2547	0.0041	0.0043	0.2574	0.0067	0.2895	30.4074	32.6364	54.8363

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	34 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	40 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	51 - 56
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	57 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	63 - 72
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	73 - 83
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	84 - 89
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	90 - 94
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	95 - 104
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	105 - 115
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	1 - 6
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	7 - 13
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	14 - 37
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	38 - 44
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	45 - 51
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	52 - 59
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	60 - 64
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	65 - 72
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	73 - 79
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	80 - 89
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	90 - 98
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	99 - 106
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	107 - 115
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	-2 - 4
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	5 - 16
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	17 - 22
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	23 - 36
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	37 - 45
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	46 - 53
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	54 - 60
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	61 - 65
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	66 - 72
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	73 - 89
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	90 - 94
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	95 - 104
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	105 - 115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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