PDB-3op7: Crystal structure of a PLP-dependent aminotransferase (ZP_0362512...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3op7

タイトル

Crystal structure of a PLP-dependent aminotransferase (ZP_03625122.1) from Streptococcus suis 89-1591 at 1.70 A resolution

要素

Aminotransferase class I and II

キーワード

TRANSFERASE / PLP-DEPENDENT TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Unknown ligand / :

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus suis 89/1591 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a PLP-dependent aminotransferase (ZP_03625122.1) from Streptococcus suis 89-1591 at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3op7.cif.gz	169.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3op7.ent.gz	137.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3op7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3op7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3op7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wbt-1 4wbt-2 6c3c-d 3maf-d 4r5z-2 5hhy-d 1gc4-2 5luc-4 4r2n-1 3l44-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 391485

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminotransferase class I and II

ヘテロ分子

43.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminotransferase class I and II

ヘテロ分子

A: Aminotransferase class I and II

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.518, 97.518, 89.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Aminotransferase class I and II 分子量: 43039.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus suis 89/1591 (バクテリア) 遺伝子: SsuiDRAFT_2941 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: B9WVA1
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.20M lithium sulfate, 2.00M ammonium sulfate, Additive: 0.001M pyridoxal 5'-phosphate (PLP), NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97905

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月23日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97905 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→29.748 Å / Num. all: 47906 / Num. obs: 47906 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.986 Å² / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.74	7.3	0.92	0.8	25552	3505	0.92	100
1.74-1.79	7.3	0.67	1.2	24657	3372	0.67	100
1.79-1.84	7.3	0.548	1.4	24217	3309	0.548	100
1.84-1.9	7.3	0.416	1.9	23607	3216	0.416	100
1.9-1.96	7.3	0.312	2.5	22928	3122	0.312	100
1.96-2.03	7.3	0.251	3	22358	3057	0.251	100
2.03-2.11	7.4	0.204	3.7	21260	2886	0.204	100
2.11-2.19	7.3	0.16	4.6	20606	2808	0.16	100
2.19-2.29	7.3	0.138	5.1	19875	2709	0.138	100
2.29-2.4	7.4	0.12	5.7	19146	2602	0.12	100
2.4-2.53	7.4	0.117	5.7	18161	2468	0.117	100
2.53-2.69	7.3	0.114	5.7	17199	2349	0.114	100
2.69-2.87	7.3	0.105	6.1	16278	2228	0.105	100
2.87-3.1	7.3	0.089	7	14969	2045	0.089	100
3.1-3.4	7.3	0.072	8.4	13962	1917	0.072	100
3.4-3.8	7.2	0.063	9.6	12607	1742	0.063	100
3.8-4.39	7.2	0.059	10.1	11202	1558	0.059	100
4.39-5.38	7.1	0.056	10.5	9439	1336	0.056	100
5.38-7.6	6.9	0.062	10.2	7257	1059	0.062	100
7.6-29.748	6.2	0.053	11.7	3822	618	0.053	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
SCALA	3.3.15	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.748 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 4.15 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.093
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1974	2423	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1636	-	-	-
obs	0.1653	47834	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.44 Å² / B_iso mean: 35.7562 Å² / B_iso min: 17.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.748 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2967	0	51	277	3295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.671	1.988	4351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.984	3	5225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.155	5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.671	24.967	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.995	15	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.35	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3533
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.831	1.5	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.272	1.5	768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.38	2	3095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.344	3	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.651	4.5	1240

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	192	-
R_work	0.248	3300	-
all	-	3492	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.511 Å / Origin y: 28.9 Å / Origin z: 16.407 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1793 Å²	-0.0185 Å²	0.0279 Å²	-	0.114 Å²	-0.0261 Å²	-	-	0.0143 Å²
L	0.9197 °²	0.4003 °²	-0.2521 °²	-	1.417 °²	-0.3286 °²	-	-	1.2996 °²
S	0.0948 Å °	-0.1602 Å °	0.0801 Å °	0.3108 Å °	-0.0408 Å °	0.1118 Å °	-0.0716 Å °	0.0356 Å °	-0.054 Å °

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