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- PDB-3ooq: CRYSTAL STRUCTURE OF amidohydrolase from Thermotoga maritima MSB8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ooq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF amidohydrolase from Thermotoga maritima MSB8
要素amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


allantoinase activity / purine nucleobase catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amidohydrolase-related domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF amidohydrolase from Thermotoga maritima MSB8
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: amidohydrolase
B: amidohydrolase
C: amidohydrolase
D: amidohydrolase
E: amidohydrolase
F: amidohydrolase
G: amidohydrolase
H: amidohydrolase
I: amidohydrolase
J: amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)444,27415
ポリマ－443,81410
非ポリマー4605
水31,9231772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area46840 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area121620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.450, 148.300, 195.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is the same as asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
amidohydrolase


分子量: 44381.352 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: AE001811_9, TM_1723 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q9X247
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Na-malonate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 495851 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.06-2.13.40.771237040.79993
2.1-2.133.40.696238140.81193.5
2.13-2.173.50.615240210.81294.2
2.17-2.223.50.561241310.81294.8
2.22-2.273.50.497242050.81695.2
2.27-2.323.50.42243490.81495.6
2.32-2.383.50.382244220.81196.2
2.38-2.443.50.333245310.81596.6
2.44-2.513.50.285247620.82497.1
2.51-2.63.50.255248990.83297.6
2.6-2.693.50.226249130.84598
2.69-2.83.50.179251660.84598.6
2.8-2.923.60.155251240.85298.9
2.92-3.083.60.123252130.87399.2
3.08-3.273.60.09253690.91799.7
3.27-3.523.70.07254611.01499.7
3.52-3.883.70.059253971.33399.9
3.88-4.443.80.054255001.639100
4.44-5.593.80.043254681.22100
5.59-503.90.038254021.28499.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.06→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.1907 / WRfactor Rwork: 0.1505 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8808 / SU B: 9.182 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.1855 / SU Rfree: 0.1627 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 12737 5 %RANDOM
Rwork0.1672 ---
obs0.1695 252990 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.73 Å2 / Biso mean: 28.849 Å2 / Biso min: 6.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29743 0 30 1772 31545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02230384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.98541027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.10953839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09624.3551240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.198155571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.34715170
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.24674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02122418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8323.519066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2255030904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.045011318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1674.510116
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.113 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 906 -
Rwork0.219 16770 -
all-17676 -
obs--94.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3153-0.1475-0.02370.43880.07290.1896-0.0014-0.05970.02820.02290.0116-0.0305-0.02880.0068-0.01020.0448-0.02280.01390.0241-0.01280.030334.1125110.05374.4181
20.40070.00040.15110.38190.16290.5592-0.0388-0.0630.0758-0.01890.00710.054-0.0836-0.13560.03160.01790.02210.00230.0405-0.00530.04230.1142109.642761.4186
30.30520.0129-0.05910.08570.04510.35620.0223-0.0278-0.03810.02590.0249-0.00820.0842-0.0088-0.04730.051-0.0114-0.01090.02070.01660.056727.031968.205284.3368
40.16340.0053-0.02020.2737-0.1170.57640.033-0.0161-0.01870.0174-0.00510.05360.072-0.1234-0.02780.0449-0.0523-0.00410.06940.01810.064-5.415966.812767.5342
50.3348-0.0667-0.05110.2651-0.04050.38840.01080.0767-0.0275-0.06790.01670.02790.03350.0379-0.02750.0456-0.04030.01050.0832-0.03430.019624.69676.66734.8062
60.23690.0236-0.06720.296-0.12290.1772-0.02210.04220.0278-0.00880.0366-0.0011-0.04860.0495-0.01450.0647-0.0730.00430.088-0.00070.027552.9944111.311234.9782
70.24970.16310.01780.3473-0.03020.303-0.04380.08480.0485-0.02010.02160.0361-0.10210.00060.02220.0871-0.041-0.02230.05590.03030.037118.759115.608122.6951
80.4237-0.06880.09930.4035-0.03110.26980.04290.0576-0.0949-0.01040.02060.01340.1358-0.0471-0.06350.1031-0.0447-0.0240.0392-0.02180.09249.793646.498532.3866
90.44680.09650.09730.25220.12480.42940.00250.1442-0.0615-0.02090.0297-0.0730.01890.1646-0.03220.011-0.00880.02150.1549-0.06240.059857.004970.63120.9136
100.42150.1450.06020.34620.07880.27140.05270.0238-0.1460.01620.0322-0.0640.15210.0876-0.08480.09510.0461-0.03940.0298-0.03620.106441.173343.893351.11
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 389
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 388
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 389
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 389
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 388
6X-RAY DIFFRACTION6F5 - 389
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 388
8X-RAY DIFFRACTION8H6 - 388
9X-RAY DIFFRACTION9I6 - 388
10X-RAY DIFFRACTION10J6 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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