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万見
- PDB-3ood: Structure of OpdA Y257F mutant soaked with diethyl 4-methoxypheny... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ood
タイトルStructure of OpdA Y257F mutant soaked with diethyl 4-methoxyphenyl phosphate for 20 hours.
要素Phosphotriesterase
キーワードHYDROLASE / binuclear metallohydrolase / organophosphate hydrolysis / diethyl 4-methoxyphenyl phosphate / bioremediation / Tim Barrel / phosphotriesterase / Binuclear metal ion binding
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DIETHYL 4-METHOXYPHENYL PHOSPHATE / Phosphotriesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Ely, F. / Guddat, L.W. / Ollis, D.L. / Schenk, G.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010
タイトル: The organophosphate-degrading enzyme from Agrobacterium radiobacter displays mechanistic flexibility for catalysis.
著者: Ely, F. / Hadler, K.S. / Gahan, L.R. / Guddat, L.W. / Ollis, D.L. / Schenk, G.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Advisory
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0524
ポリマ－35,6741
非ポリマー3783
水7,999444
1
A: Phosphotriesterase
ヘテロ分子

A: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1038
ポリマ－71,3472
非ポリマー7566
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.000, 109.000, 62.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Phosphotriesterase / OpdA


分子量: 35673.629 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-360 / 変異: Y257F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
遺伝子: opdA / プラスミド: pETMCSI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93LD7, aryldialkylphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-EPL / DIETHYL 4-METHOXYPHENYL PHOSPHATE / りん酸ジエチル4-メトキシフェニル


分子量: 260.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17O5P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14.4 % PEG 8000, 160mM calcium acetate hydrate, 80mM sodium cacodylate, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月11日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. all: 33015 / Num. obs: 33015 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.97 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.89→50 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D2J

2d2j


解像度: 1.89→17.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.066 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19493 1676 5.1 %RANDOM
Rwork0.15478 ---
all0.15673 33015 --
obs0.15673 33015 95.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.278 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→17.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2509 0 19 444 2972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9713548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0475332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.1322110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.30715414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9881527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21486
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21828
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0290.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4380.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7111.51679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10722632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97531047
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1624.5914
LS精密化 シェル解像度: 1.888→1.936 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 89 -
Rwork0.189 1518 -
obs--64.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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