PDB-3ony: Crystal Structure of P Domain from Norwalk Virus Strain Vietnam 0...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ony

タイトル

Crystal Structure of P Domain from Norwalk Virus Strain Vietnam 026 in complex with Fucose

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Hansman, G.S. / Biertumpfel, C. / Chen, L. / Georgiev, I. / McLellan, J.S. / Katayama, K. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of GII.10 and GII.12 Norovirus Protruding Domains in Complex with Histo-Blood Group Antigens Reveal Details for a Potential Site of Vulnerability.
著者: Hansman, G.S. / Biertumpfel, C. / Georgiev, I. / McLellan, J.S. / Chen, L. / Zhou, T. / Katayama, K. / Kwong, P.D.

履歴

登録	2010年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ony.cif.gz	536 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ony.ent.gz	452.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ony.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ony_validation.pdf.gz	481.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ony_full_validation.pdf.gz	488.5 KB	表示
XML形式データ	3ony_validation.xml.gz	41.4 KB	表示
CIF形式データ	3ony_validation.cif.gz	61.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3ony ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3ony	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3onuSC 3pa1C 3pa2C 3q38C 3q39C 3q3aC 3q6qC 3q6rC 3r6jC 3r6kC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ry8-d 4z4y-d 4z4u-d 3bqj-2 5iyp-d 5bsy-d 4wze-d 6wte-1 2obr-1 4wzl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Capsid protein

ヘテロ分子

105 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Capsid protein

ヘテロ分子

C: Capsid protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Capsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Capsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
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5

C: Capsid protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.529, 115.905, 267.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-107- HOH

#1: タンパク質

Capsid protein

分子量: 34717.879 Da / 分子数: 3 / 断片: P domain (UNP residues 225-538) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Norwalk virus (ノロウイルス) / 株: Vietnam 026 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5

#2: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#3: 糖

ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.66M ammonium citrate pH 6.5, 1.65% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日
放射	モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 105679 / Num. obs: 105679 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 %
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID: 3ONU

3onu

解像度: 1.85→25.666 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1893	5035	5.04 %
R_work	0.164	-	-
obs	0.1652	99983	93.65 %
all	-	99983	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.465 Å² / k_sol: 0.379 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6314 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.0657 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.6971 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.666 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7149	0	73	727	7949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7419
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041	10150
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.32	2658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.242	1144
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8504-1.8715	0.3178	122	0.2724	2167	X-RAY DIFFRACTION	64
1.8715-1.8935	0.3264	117	0.2797	2260	X-RAY DIFFRACTION	69
1.8935-1.9166	0.2966	155	0.2523	2899	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9166-1.9408	0.2525	154	0.2363	3082	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9408-1.9663	0.2345	144	0.2079	2805	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9663-1.9933	0.2106	140	0.191	2920	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9933-2.0217	0.2076	160	0.174	3034	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0217-2.0519	0.193	155	0.171	3161	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0519-2.0839	0.2094	164	0.1742	3205	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0839-2.1181	0.1956	183	0.1738	3146	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1181-2.1546	0.234	194	0.1621	3141	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1546-2.1938	0.2255	190	0.1722	3124	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1938-2.2359	0.214	177	0.1816	3068	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2359-2.2815	0.2272	203	0.1955	3282	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2815-2.3311	0.2045	167	0.171	3047	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3311-2.3853	0.1914	157	0.1527	3250	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3853-2.4449	0.2074	185	0.1616	3269	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4449-2.511	0.1857	174	0.1507	3302	X-RAY DIFFRACTION	98
2.511-2.5848	0.182	173	0.1531	3285	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5848-2.6681	0.1816	171	0.1539	3302	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6681-2.7634	0.1928	190	0.1632	3335	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7634-2.8739	0.1658	140	0.1693	3394	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8739-3.0045	0.197	165	0.163	3350	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0045-3.1626	0.1859	183	0.163	3376	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1626-3.3604	0.2054	158	0.17	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3604-3.6192	0.1893	171	0.1681	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6192-3.9822	0.1564	210	0.1487	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9822-4.5556	0.141	187	0.1209	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5556-5.7291	0.1563	182	0.1335	3475	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7291-25.6684	0.2022	164	0.1861	3612	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0784	0.0855	0.0465	0.7703	-0.4643	1.9313	0.2273	0.096	-0.0236	-0.0716	-0.0476	0.0283	0.1026	-0.2071	-0.1673	0.1661	0.019	-0.0253	0.1597	0.007	0.1571	-3.2102	34.1024	-32.7839
2	1.6516	0.0699	0.2763	0.745	-0.5673	2.3167	0.2641	-0.456	-0.0906	0.2228	-0.1012	-0.0054	-0.0493	0.257	-0.1331	0.2076	-0.0728	-0.042	0.2357	0.036	0.1236	5.9695	31.1466	-11.5369
3	1.1883	-0.1915	-0.8118	0.7926	-0.3213	1.9894	0.115	-0.1925	0.0289	0.1169	0.0573	0.0662	-0.1945	-0.0184	-0.1563	0.1288	0.0063	0.0316	0.1292	-0.0029	0.1576	36.1193	33.3754	-56.0259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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