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- PDB-3ona: The SECRET domain in complex with CX3CL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ona
タイトルThe SECRET domain in complex with CX3CL1
要素
  • CX3CL1 protein
  • Tumour necrosis factor receptor
キーワードVIRAL PROTEIN/CYTOKINE / beta-sandwich / chemokine fold / vTNFR-chemokine complex / VIRAL PROTEIN-CYTOKINE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / autocrine signaling / tumor necrosis factor receptor activity / synapse pruning ...CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / autocrine signaling / tumor necrosis factor receptor activity / synapse pruning / negative regulation of neuron migration / positive regulation of microglial cell migration / negative regulation of microglial cell activation / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / microglial cell proliferation / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of actin filament bundle assembly / lymphocyte chemotaxis / leukocyte migration involved in inflammatory response / integrin activation / angiogenesis involved in wound healing / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / negative regulation of cell-substrate adhesion / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cell-matrix adhesion / neuron remodeling / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to interleukin-1 / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of cell migration / neutrophil chemotaxis / cell chemotaxis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell projection / response to ischemia / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / regulation of synaptic plasticity / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / cellular response to type II interferon / cell-cell adhesion / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / chemotaxis / integrin binding / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / inflammatory response / neuron projection / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Viral Chemokine Inhibitor; Chain A - #20 / Poxvirus, TNF receptor-II, C-terminal / Poxvirus, TNF-alpha receptor-II / Tumour necrosis factor receptor, SECRET domain / Tumor necrosis factor receptor, N-terminal, viral / Viral Chemokine Inhibitor; Chain A / CX3C chemokine domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. ...Viral Chemokine Inhibitor; Chain A - #20 / Poxvirus, TNF receptor-II, C-terminal / Poxvirus, TNF-alpha receptor-II / Tumour necrosis factor receptor, SECRET domain / Tumor necrosis factor receptor, N-terminal, viral / Viral Chemokine Inhibitor; Chain A / CX3C chemokine domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fractalkine / CX3CL1 protein / Tumour necrosis factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Ectromelia virus (エクトロメリアウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, X.Q. / Xue, X.G. / Wang, D.L.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of chemokine sequestration by CrmD, a poxvirus-encoded tumor necrosis factor receptor
著者: Xue, X.G. / Lu, Q.Y. / Wei, H. / Wang, D.L. / Chen, D.W. / He, G.J. / Huang, L. / Wang, H.Z. / Wang, X.Q.
履歴
登録2010年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumour necrosis factor receptor
B: CX3CL1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9832
ポリマ－26,9832
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.330, 71.330, 93.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-81-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tumour necrosis factor receptor


分子量: 18012.010 Da / 分子数: 1 / 断片: SECRET domain, UNP residues 162-320 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ectromelia virus (エクトロメリアウイルス)
遺伝子: crmD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7TDW8
#2: タンパク質 CX3CL1 protein / CX3CL1


分子量: 8971.408 Da / 分子数: 1 / 断片: chemokine domain, UNP residues 24-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6I9S9, UniProt: P78423*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris.Cl, 20% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 8839 / Num. obs: 8847 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3ON9 AND 1F2L

3on9

1f2l


解像度: 2.6→29.317 Å / SU ML: 1.79 / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2497 393 4.76 %random
Rwork0.1961 ---
obs0.1986 8262 93.62 %-
all-8847 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.036 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.022 Å20 Å2-0 Å2
2---1.022 Å20 Å2
3----17.754 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1744 0 0 28 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011779
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2822413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.876634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004307
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5974-2.9730.37161130.27832349X-RAY DIFFRACTION85
2.973-3.74440.29521350.20262646X-RAY DIFFRACTION96
3.7444-29.31870.20721450.1732874X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.50160.4653-0.36414.08540.39863.6319-0.12930.24830.1148-0.0680.13380.3761-0.2636-0.833300.6583-0.08740.01070.6687-0.08790.612219.0029-12.95676.5494
22.666-0.2411-1.12543.52691.16132.2269-0.2488-0.4634-0.01421.16930.0966-0.3473-0.11960.65530.00010.7071-0.099-0.02250.72670.03370.657934.993-26.7368-4.2512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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