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- PDB-3on9: The SECRET domain from Ectromelia virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3on9
タイトルThe SECRET domain from Ectromelia virus
要素Tumour necrosis factor receptor
キーワードVIRAL PROTEIN / BETA-SANDWICH / viral TNF receptor / chemokine-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor activity / virus-mediated perturbation of host defense response
類似検索 - 分子機能
Viral Chemokine Inhibitor; Chain A - #20 / Poxvirus, TNF receptor-II, C-terminal / Poxvirus, TNF-alpha receptor-II / Tumour necrosis factor receptor, SECRET domain / Tumor necrosis factor receptor, N-terminal, viral / Viral Chemokine Inhibitor; Chain A / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. ...Viral Chemokine Inhibitor; Chain A - #20 / Poxvirus, TNF receptor-II, C-terminal / Poxvirus, TNF-alpha receptor-II / Tumour necrosis factor receptor, SECRET domain / Tumor necrosis factor receptor, N-terminal, viral / Viral Chemokine Inhibitor; Chain A / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumour necrosis factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Ectromelia virus (エクトロメリアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Wang, X.Q. / Xue, X.G. / Wang, D.L.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of chemokine sequestration by CrmD, a poxvirus-encoded tumor necrosis factor receptor
著者: Xue, X.G. / Lu, Q.Y. / Wei, H. / Wang, D.L. / Chen, D.W. / He, G.J. / Huang, L. / Wang, H.Z. / Wang, X.Q.
履歴
登録2010年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumour necrosis factor receptor
B: Tumour necrosis factor receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0242
ポリマ－36,0242
非ポリマー00
水8,395466
1
A: Tumour necrosis factor receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0121
ポリマ－18,0121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tumour necrosis factor receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0121
ポリマ－18,0121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.416, 73.438, 112.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4-

HOH

21A-83-

HOH

31A-451-

HOH

41B-351-

HOH

51B-398-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tumour necrosis factor receptor


分子量: 18012.010 Da / 分子数: 2 / 断片: SECRET domain, UNP residues 162-320 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ectromelia virus (エクトロメリアウイルス)
遺伝子: crmD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7TDW8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.4M Magnesium formate dehydrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. all: 42171 / Num. obs: 41455 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.57→30.74 Å / SU ML: 1.52 / σ(F): 0.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 1984 5.05 %random
Rwork0.1637 ---
all0.1653 42171 --
obs0.1653 39277 92.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.463 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1052 Å20 Å2-0 Å2
2--3.1672 Å20 Å2
3----11.208 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→30.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2480 0 0 466 2946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.133475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.698895
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5682-1.60740.30591040.21862007X-RAY DIFFRACTION71
1.6074-1.65090.23011390.20582286X-RAY DIFFRACTION82
1.6509-1.69950.27531250.18932459X-RAY DIFFRACTION87
1.6995-1.75430.20381350.17762545X-RAY DIFFRACTION89
1.7543-1.8170.211470.16382626X-RAY DIFFRACTION92
1.817-1.88980.19911520.15952634X-RAY DIFFRACTION93
1.8898-1.97580.1811170.15672739X-RAY DIFFRACTION95
1.9758-2.07990.19321600.15112771X-RAY DIFFRACTION97
2.0799-2.21020.1741600.15272780X-RAY DIFFRACTION98
2.2102-2.38080.1941650.15512787X-RAY DIFFRACTION98
2.3808-2.62020.20081420.172864X-RAY DIFFRACTION99
2.6202-2.99910.21841440.17882859X-RAY DIFFRACTION99
2.9991-3.77750.18931500.14652897X-RAY DIFFRACTION99
3.7775-30.74640.17421440.15513039X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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