PDB-3on4: Crystal structure of TetR transcriptional regulator from Legionel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3on4

タイトル

Crystal structure of TetR transcriptional regulator from Legionella pneumophila

要素

Transcriptional regulator, TetR family

キーワード

TRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / transcriptional regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Michalska, K. / Li, H. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TetR transcriptional regulator from Legionella pneumophila
著者: Michalska, K. / Li, H. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3on4.cif.gz	633.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3on4.ent.gz	532.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3on4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3on4_validation.pdf.gz	492.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3on4_full_validation.pdf.gz	507 KB	表示
XML形式データ	3on4_validation.xml.gz	70.3 KB	表示
CIF形式データ	3on4_validation.cif.gz	93.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3on4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3on4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4dlq-d 3hta-1 3hta-2 3eup-d 4b86-2 1nkz-d 5haw-1 5xay-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC88327

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: APC88327

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リンク

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登録構造単位

A: Transcriptional regulator, TetR family

B: Transcriptional regulator, TetR family

C: Transcriptional regulator, TetR family

D: Transcriptional regulator, TetR family

E: Transcriptional regulator, TetR family

F: Transcriptional regulator, TetR family

G: Transcriptional regulator, TetR family

H: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

171 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Transcriptional regulator, TetR family

B: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

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42.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Transcriptional regulator, TetR family

H: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Transcriptional regulator, TetR family

G: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

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42.8 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Transcriptional regulator, TetR family

F: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

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42.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.38, 124.99, 151.38
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, TetR family 分子量: 21409.781 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 遺伝子: lpg1967 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q5ZU41
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris/HCl, 40% (w/v) PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97967 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97967 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 139276 / Num. obs: 130984 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6468 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→48.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.231 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21781	1310	1 %	RANDOM
R_work	0.1791	-	-	-
all	0.17947	130318	-	-
obs	0.17947	130318	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.748 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11750	0	11	844	12605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	12250
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.117	1.952	16567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.857	3	20091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.785	5	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.143	25.558	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.361	15	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.374	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.564	1.5	7611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.185	1.5	3117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.005	2	12285
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.808	3	4639
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.841	4.5	4282

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	92	-
R_work	0.237	9463	-
obs	-	9463	99.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.169	6.0205	-7.932	10.1034	-12.3983	15.3618	0.4848	-0.5551	0.4497	0.8919	-0.0245	0.4063	-1.017	0.1518	-0.4603	0.2739	0.0371	0.1141	0.1431	-0.0781	0.3165	46.1974	66.676	7.4064
2	5.6858	2.8208	-0.5054	2.5905	-0.5426	0.7593	-0.1019	0.0795	-0.1552	-0.2628	0.1688	0.115	0.2188	-0.0522	-0.0669	0.0986	-0.0058	-0.0434	0.048	0.0039	0.0524	57.6852	71.0309	-8.4987
3	7.0972	8.2054	7.0001	23.5742	8.7732	12.9791	-0.1862	0.0399	0.6057	-0.7624	0.0463	2.0992	-0.4252	-0.8178	0.1399	0.0745	0.0087	-0.132	0.151	0.0993	0.416	45.4236	74.5164	-9.5509
4	4.8884	-0.836	4.6005	1.7077	-1.6911	8.8361	0.0334	-0.5522	-0.028	0.1565	0.0096	0.1862	0.0089	-0.1144	-0.043	0.046	0.0089	0.0348	0.1598	-0.0266	0.0753	60.6853	78.0403	5.6975
5	1.6607	-0.1005	0.6375	1.2963	-0.2392	2.3701	-0.0408	-0.3663	0.021	0.2373	0.0218	-0.0113	-0.1621	-0.0523	0.019	0.0534	0.0086	0.0054	0.1349	-0.012	0.0244	71.3386	78.9346	5.7829
6	2.8017	1.053	1.3091	7.0301	5.6281	8.6558	-0.0227	-0.1582	0.1077	0.1245	-0.002	-0.0695	-0.1784	0.2657	0.0247	0.0299	0.0027	-0.0084	0.0975	0.0048	0.012	79.9545	80.7635	5.2548
7	5.8235	-0.2485	0.2906	8.3983	5.5788	15.3522	-0.0363	-0.2986	-0.2212	0.4364	-0.1232	-0.1336	0.5463	0.3051	0.1596	0.0483	0.0416	-0.0214	0.1808	0.0698	0.1384	84.6154	70.6307	6.7094
8	9.8619	6.965	-4.5839	6.413	-4.1323	4.793	-0.1122	0.0797	-0.3535	-0.3489	-0.0659	-0.8302	0.0131	0.3832	0.1781	0.1577	0.0374	0.0948	0.1707	-0.0396	0.3143	87.861	89.9647	-35.3414
9	1.3267	-0.0619	-0.0393	2.1435	-1.46	3.9095	-0.0138	0.0928	-0.0106	-0.0604	0.0103	0.094	0.0673	-0.0075	0.0035	0.0326	0.0056	-0.0047	0.035	-0.0165	0.0154	74.039	82.6877	-27.033
10	6.2568	2.643	6.4096	3.132	2.5779	7.9805	-0.0081	0.4329	0.0813	-0.0512	0.0345	-0.3383	-0.264	1.0263	-0.0264	0.108	-0.0689	0.0586	0.3996	0.0055	0.13	95.7196	82.452	-15.952
11	1.8441	0.2199	0.7819	1.0591	0.3025	1.5824	-0.0473	0.0464	-0.1459	-0.03	0.0521	-0.2625	0.0373	0.3249	-0.0048	0.0578	0.016	0.0177	0.1306	0.0013	0.0812	86.1998	78.9445	-10.7475
12	14.5978	14.2924	-11.2042	30.3373	-10.3984	27.3124	-0.9125	-0.1621	-0.9391	0.4455	0.1626	-2.2667	0.9284	1.1723	0.7499	0.2198	0.1566	-0.1174	0.3904	-0.0097	0.4818	100.8197	70.0565	0.2684
13	4.4964	-1.6179	1.0402	2.6328	-0.4535	2.3895	0.0062	-0.2176	0.0456	0.0852	0.0224	-0.1741	-0.0935	0.1886	-0.0286	0.0154	-0.0167	-0.0043	0.0975	-0.0044	0.0136	83.5869	82.5693	-0.833
14	15.5352	1.5371	-0.3518	17.1203	-5.6871	14.5439	-0.2069	-0.4884	0.1564	0.6667	-0.1938	-1.4004	0.0399	0.6459	0.4007	0.0959	0.0077	-0.0948	0.2954	-0.0168	0.1556	94.3974	83.3859	4.8076
15	6.5059	3.748	-1.0732	17.4522	-12.141	10.1552	0.21	-0.8609	-0.0741	1.2004	-0.063	0.5313	-0.4538	-0.0964	-0.147	0.2207	0.0689	0.094	0.2196	-0.0134	0.1269	87.4153	66.2799	-30.6132
16	3.3926	1.1271	0.4107	2.427	0.3973	1.3188	-0.0266	-0.0984	0.0164	-0.1908	0.0367	-0.0878	-0.0598	-0.0579	-0.0102	0.0821	0.0278	0.0189	0.0381	0.0014	0.0386	95.1674	73.6247	-41.4666
17	7.2276	-1.3863	1.5247	4.4565	0.5802	10.0926	0.0192	-0.93	-0.285	0.041	0.1105	-0.0652	0.1355	-0.5177	-0.1296	0.178	-0.0479	-0.0233	0.3069	0.0581	0.1258	114.9754	72.0732	-18.625
18	2.4613	-1.8516	0.3889	3.4705	-0.149	1.201	0.0226	-0.0743	0.0853	0.0558	-0.0221	-0.0508	-0.0384	0.0585	-0.0005	0.0338	-0.0064	0.0075	0.0633	-0.0249	0.1392	108.5247	75.2113	-39.2293
19	9.2084	-1.3197	8.673	3.1691	-4.2284	13.4247	-0.3275	-0.7563	0.3927	0.4413	0.1251	0.0652	-0.6838	-0.2404	0.2024	0.1246	0.0148	0.0393	0.1806	-0.0758	0.1176	111.3844	83.4334	-26.8771
20	1.6913	-0.3866	0.8132	7.7319	7.4454	10.7958	-0.0318	-0.1722	-0.0138	0.2777	0.1427	0.0375	-0.1406	0.2814	-0.111	0.0983	0.0007	-0.0034	0.1042	-0.0289	0.0758	120.4038	80.4521	-30.585
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	129 - 139
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	140 - 147
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	148 - 168
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	169 - 188
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	2 - 10
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	11 - 58
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	59 - 81
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	82 - 139
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	140 - 147
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	148 - 168
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	169 - 188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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