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万見
- PDB-3omp: Fragment-Based Design of novel Estrogen Receptor Ligands -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3omp
タイトルFragment-Based Design of novel Estrogen Receptor Ligands
要素
  • Estrogen receptor beta
  • Nuclear receptor coactivator 1
キーワードPROTEIN BINDING / Steroid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear estrogen receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / nuclear steroid receptor activity / progesterone receptor signaling pathway / response to progesterone ...receptor antagonist activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear estrogen receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / nuclear steroid receptor activity / progesterone receptor signaling pathway / response to progesterone / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cerebellum development / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / protein-lysine-acetyltransferase activity / nuclear retinoid X receptor binding / lactation / positive regulation of neuron differentiation / estrous cycle / estrogen receptor signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to hormone stimulus / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / positive regulation of adipose tissue development / bile acid and bile salt transport / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / regulation of cellular response to insulin stimulus / male gonad development / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / SUMOylation of transcription cofactors / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / ESR-mediated signaling / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / cellular response to estradiol stimulus / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / negative regulation of cell growth / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / nuclear receptor activity / transcription coregulator activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / transcription regulator complex / HATs acetylate histones / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / Extra-nuclear estrogen signaling / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / DNA-templated transcription / nucleoplasm / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W14 / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Moecklinghoff, S. / van Otterlo, W.A. / Rose, R. / Fuchs, S. / Dominguez Seoane, M. / Waldmann, H. / Ottmann, C. / Brunsveld, L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Design and Evaluation of Fragment-Like Estrogen Receptor Tetrahydroisoquinoline Ligands from a Scaffold-Detection Approach.
著者: van Otterlo, W.A. / Rose, R. / Fuchs, S. / Zimmermann, T.J. / Dominguez Seoane, M. / Waldmann, H. / Ottmann, C. / Brunsveld, L.
履歴
登録2010年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
B: Estrogen receptor beta
C: Nuclear receptor coactivator 1
D: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1786
ポリマ－58,6874
非ポリマー4902
水5,999333
1
A: Estrogen receptor beta
C: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5893
ポリマ－29,3442
非ポリマー2451
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11560 Å2
手法PISA
2
B: Estrogen receptor beta
D: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5893
ポリマ－29,3442
非ポリマー2451
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11600 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.720, 70.720, 109.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 1000
2114B1 - 1000

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor beta / ER-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 2


分子量: 27109.143 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain (UNP residues 261-500) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2, ESTRB, NR3A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen ...NCoA-1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74


分子量: 2234.535 Da / 分子数: 2 / 断片: Box 2 (UNP residues 683-701) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 参照: UniProt: Q15788
#3: 化合物 ChemComp-W14 / 2-(trifluoroacetyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-ol


分子量: 245.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10F3NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% PEG10000 (v/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2009年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 37721 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.159 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.96
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.05-2.20.1497.520732726598.4
2.2-2.50.0911.228434972698
2.5-30.05915.925944864796.6
3-3.50.04822.516849454099.3
3.5-40.04128.49381250198.7
4-50.03432.29493250398.3
5-100.032338871226797.2
10-150.02938.988122196.1
15-200.023371955192.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→19.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.767 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2547 1885 5 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.201 37715 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.56 Å2 / Biso mean: 20.3572 Å2 / Biso min: 4.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.13 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3747 0 34 333 4114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.94325234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2515471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.90823.889144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.5115746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3241521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5671.52377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55523843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.52131492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5344.51391
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.54733869
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1745 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.320.5
MEDIUM THERMAL0.962
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 139 -
Rwork0.239 2639 -
all-2778 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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