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- PDB-3okx: Crystal structure of YaeB-like protein from Rhodopseudomonas palustris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3okx
タイトルCrystal structure of YaeB-like protein from Rhodopseudomonas palustris
要素YaeB-like protein RPA0152
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


YaeB-like / TrmO-like, N-terminal domain / YaeB-like superfamily / YaeB, N-terminal domain superfamily / YaeB-like / tRNA-methyltransferase O / TsaA-like domain profile. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / S-adenosyl-L-methionine-binding protein RPA0152
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chang, C. / Evdokimova, E. / Liu, F. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of YaeB-like protein from Rhodopseudomonas palustris
著者: Chang, C. / Evdokimova, E. / Liu, F. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YaeB-like protein RPA0152
B: YaeB-like protein RPA0152
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6494
ポリマ－37,8522
非ポリマー7972
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.317, 74.317, 116.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 YaeB-like protein RPA0152


分子量: 18926.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: RPA0152 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: Q6NDF6
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M di-sodium tartrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月5日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 35236 / Num. obs: 35229 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 44
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 1690 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.746 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.097
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1819 1761 5 %RANDOM
Rwork0.1469 ---
all0.1487 35078 --
obs0.1487 35078 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.8 Å2 / Biso mean: 23.1136 Å2 / Biso min: 10.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20.32 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2388 0 54 286 2728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.9963528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3945317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.69921.803122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95415392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7381535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0222046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1151.51581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87922554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.96331002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4794.5974
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.46532583
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 114 -
Rwork0.181 2420 -
all-2534 -
obs--99.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2653-0.3758-4.7630.76590.61114.71390.3360.76230.311-0.2843-0.06690.0552-0.3471-0.7295-0.26910.1770.0699-0.04120.14680.03790.044425.2503-3.9224-0.9224
21.24710.3755-0.16471.63520.39711.38010.02320.03550.0751-0.14190.0349-0.0492-0.1569-0.0408-0.05810.07860.01720.01260.07030.00590.077928.99557.228321.0318
31.5346-1.0672-0.9832.07490.67672.87530.06660.04170.1113-0.19930.008-0.1281-0.2996-0.007-0.07460.14120.01070.01420.08320.00980.059932.9099-2.27583.6287
40.82870.22070.03311.28830.36141.14450.061-0.00380.0266-0.07590.0248-0.1007-0.0566-0.0084-0.08580.08050.01750.00470.0836-0.00010.099430.49995.32424.2314
50.8970.9744-0.25442.0717-0.07370.6031-0.0190.01670.1054-0.0193-0.021-0.10720.09260.0090.040.14990.0066-0.02140.16640.02940.169330.3533-19.822130.1615
60.679-0.4226-0.56871.3917-1.83367.5161-0.04880.0555-0.0859-0.02440.15370.23440.1254-1.1553-0.10490.0131-0.0214-0.01030.2571-0.00390.119510.9792-5.328325.0179
71.1620.006-0.50680.9138-0.49141.6361-0.0250.0074-0.1077-0.14260.01420.03130.1697-0.10790.01080.0877-0.0168-0.01640.0815-0.01160.073129.037-18.682412.9357
80.12980.0790.10240.9154-0.02222.7160.0241-0.0012-0.03950.0763-0.04590.07840.0134-0.1940.02180.06-0.0141-0.00110.13420.00030.109818.8019-8.844328.2074
91.5981-0.3654-0.57090.3782-0.37661.26080.00080.0215-0.039-0.0812-0.0040.02570.1496-0.03360.00320.10360.0032-0.00880.0857-0.00960.088332.9998-17.784912.4805
1020.6252-7.9147-3.080421.4658-13.057711.4661-0.4811-0.83091.01421.1508-0.1883-1.499-0.68950.52230.66940.1017-0.0729-0.06860.2093-0.09470.297145.0465-6.972614.1544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2A26 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3A78 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4A113 - 146
5X-RAY DIFFRACTION5A147 - 167
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 25
7X-RAY DIFFRACTION7B26 - 77
8X-RAY DIFFRACTION8B78 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9B113 - 146
10X-RAY DIFFRACTION10B147 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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