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- PDB-3okf: 2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-Dehydroquinate Syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3okf
タイトル2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-Dehydroquinate Synthase (aroB) from Vibrio cholerae
要素3-dehydroquinate synthase
キーワードLYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 3-dehydroquinate synthase / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-dehydroquinate synthase family / : / : / 3-dehydroquinate synthase C-terminal / 3-dehydroquinate synthase AroB / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase N-terminal / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 ...3-dehydroquinate synthase family / : / : / 3-dehydroquinate synthase C-terminal / 3-dehydroquinate synthase AroB / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase N-terminal / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / : / 3-dehydroquinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Minasov, G. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of 3-Dehydroquinate Synthase (aroB) from Vibrio cholerae.
著者: Minasov, G. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate synthase
B: 3-dehydroquinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,82716
ポリマ－84,8502
非ポリマー1,97814
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area28040 Å2
手法PISA
2
A: 3-dehydroquinate synthase
B: 3-dehydroquinate synthase
ヘテロ分子

A: 3-dehydroquinate synthase
B: 3-dehydroquinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,65532
ポリマ－169,6994
非ポリマー3,95628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area13610 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area54980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.140, 80.140, 262.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-375-

NA

21A-379-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3-dehydroquinate synthase


分子量: 42424.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: aroB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 (Magic)
参照: UniProt: C3NUY1, UniProt: Q9KNV2*PLUS, 3-dehydroquinate synthase

-
非ポリマー , 5種, 181分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 3.5 mGr/mL 0.01M Tris-HCL pH 8.3, 1mM Dehydroquinate (DHQ); Screen: Classics II (B6), 0.49M Sodium phosphate, 0.91M Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 30764 / Num. obs: 30764 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 52.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1480 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CLH

3clh


解像度: 2.5→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 17.539 / SU ML: 0.186 / Isotropic thermal model: Isotropically Individually Refined / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 1549 5.1 %RANDOM
Rwork0.18168 ---
all0.18379 29101 --
obs0.18379 29101 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.904 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.18 Å20 Å2
3----4.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5407 0 116 167 5690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225643
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.9847687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82338917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.1985712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.35624.434221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.14115919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8031523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8451.53541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.171.51455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6225689
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48432102
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0334.51998
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 118 -
Rwork0.271 2076 -
obs-2076 99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.95915.4831-16.70267.4514-7.211520.8295-0.5382-0.2593-1.34960.4703-0.5894-1.18580.62490.00111.12760.1652-0.0371-0.0630.13330.14220.4211-21.2854-31.0175-21.8829
21.02360.1342-0.35320.84640.13850.48670.05030.1299-0.0087-0.0386-0.0786-0.02890.0736-0.04370.02830.30130.0335-0.00130.1747-0.02260.2703-34.8603-22.6373-34.4214
30.74370.06350.20820.1657-0.21220.40720.1227-0.1814-0.03470.001-0.1538-0.02030.04270.09830.03110.2559-0.0382-0.00340.2359-0.00530.3206-33.8754-19.5556-22.5746
41.00171.14950.71191.43310.92881.18870.2385-0.1286-0.19490.1271-0.2075-0.2265-0.06550.0942-0.0310.2553-0.0322-0.02750.26050.09990.3104-15.4502-14.4467-20.0741
50.7303-1.0177-0.62342.22411.34010.99510.3428-0.0453-0.0888-0.0994-0.42610.1049-0.2139-0.06310.08330.4767-0.3978-0.02770.46880.02110.1404-20.26611.3799-8.9501
626.97592.2474-2.25456.7027-6.46216.23062.8597-2.5762-1.4694-0.1823-2.1020.53460.16851.7936-0.75770.4819-0.3192-0.3380.84970.15010.3092-46.189-39.0702-0.7634
72.5342.19120.19072.0521-0.06512.06420.5894-0.69110.48560.3134-0.62210.38530.04060.0240.03270.4146-0.19390.15880.3927-0.16870.1849-54.1046-20.517-2.6213
81.32030.6973-0.17820.4177-0.10920.02910.2239-0.40010.0213-0.0011-0.21220.0270.00770.0516-0.01170.3397-0.1236-0.03170.3054-0.00770.2298-51.0843-27.0253-11.3622
90.84721.20850.71011.8121.11080.74950.3123-0.2173-0.1590.2652-0.2731-0.22720.0808-0.0845-0.03920.3262-0.0876-0.06160.24410.11280.2621-60.3622-43.7256-11.1987
100.75810.15650.68141.09530.76011.70310.1158-0.0310.0092-0.1135-0.1609-0.0794-0.0166-0.00080.04510.2246-0.0118-0.03110.15920.02260.3435-66.2147-47.8586-26.6148
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3A105 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4A169 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5A252 - 366
6X-RAY DIFFRACTION6B5 - 16
7X-RAY DIFFRACTION7B17 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8B100 - 169
9X-RAY DIFFRACTION9B170 - 260
10X-RAY DIFFRACTION10B261 - 366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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