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- PDB-3ojj: Structure of Co-substituted Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ojj
タイトルStructure of Co-substituted Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase from B.fuscum at 1.72 Ang resolution
要素Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / extradiol / metal substitution / 2-His-1-carboxylate facial triad / aromatic ring cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase fold / homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase domains / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, Mn/Fe-type / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, C-terminal domain superfamily / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain ...homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase fold / homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase domains / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, Mn/Fe-type / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, C-terminal domain superfamily / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacterium fuscum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Fielding, A.J. / Kovaleva, E.G. / Farquhar, E.R. / Lipscomb, J.D. / Que Jr., L.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2011
タイトル: A hyperactive cobalt-substituted extradiol-cleaving catechol dioxygenase.
著者: Fielding, A.J. / Kovaleva, E.G. / Farquhar, E.R. / Lipscomb, J.D. / Que, L.
履歴
登録2010年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
B: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
C: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
D: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,23920
ポリマ－167,0214
非ポリマー2,21816
水29,7431651
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18670 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area44030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.539, 152.075, 96.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-719-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase


分子量: 41755.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacterium fuscum (バクテリア)
株: ATCC 15993 / 遺伝子: hpcd / プラスミド: pYZW204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q45135, 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase

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非ポリマー , 6種, 1667分子

#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 13% PEG6000, 0.1 M calcium chloride, 0.1 M Tris-HCl. Cryoprotectant 25% PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0310.9763
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 121.605
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 131.6077
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2010年4月14日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2010年3月21日
ADSC QUANTUM 315r3CCD2010年3月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1Channel cut Si(111)
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1Channel cut Si(111)
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97631
21.6051
31.60771
反射解像度: 1.72→29.86 Å / Num. all: 172043 / Num. obs: 170151 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.72→1.81 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 24631 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2IG9

2ig9


解像度: 1.72→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.309 / SU ML: 0.063 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17639 8442 5 %RANDOM
Rwork0.14664 ---
obs0.14814 161661 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.684 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11523 0 130 1651 13304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02112258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.94516661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.915320197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1551494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.12423.494664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.334151934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.47315107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02114026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6641.57300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2251.52965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.116211847
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it234958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.064.54814
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 561 -
Rwork0.265 11875 -
obs--98.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.077-0.1032-0.08680.6676-0.06560.4501-0.00220.06680.2337-0.0435-0.0221-0.104-0.0660.01930.02430.0497-0.0134-0.02320.03770.04380.116912.120252.98926.3073
20.92-0.04440.01180.5128-0.01410.753-0.0110.1465-0.0305-0.0821-0.0071-0.05020.0423-0.03320.01820.0413-0.01120.01130.05380.01150.018412.278722.2654-7.3891
30.66050.074-0.02820.7735-0.02820.875-0.0247-0.11270.08160.1588-0.00620.0214-0.0291-0.0620.03090.06110.0104-0.01130.0634-0.01560.0156-2.58130.623838.7742
40.71690.07030.15750.90410.01860.83290.0037-0.0738-0.06940.1333-0.0419-0.20190.09750.08550.03810.04070.0111-0.02730.05130.03750.067124.788912.463330.9359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 358
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 362
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 356
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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