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- PDB-3oj0: Crystal structure of glutamyl-tRNA reductase from Thermoplasma vo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oj0
タイトルCrystal structure of glutamyl-tRNA reductase from Thermoplasma volcanium (nucleotide binding domain)
要素Glutamyl-tRNA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamyl-tRNA reductase / glutamyl-tRNA reductase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process from glutamate / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glutamyl-tRNA reductase / Glutamyl-tRNA reductase, N-terminal / Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase, dimerisation domain / Glutamyl-tRNA reductase, conserved site / Glutamyl-tRNA reductase, N-terminal domain superfamily / Glutamyl tRNA-reductase dimerization domain superfamily / Glutamyl-tRNAGlu reductase, dimerisation domain / Glutamyl-tRNAGlu reductase, N-terminal domain / Glutamyl-tRNA reductase signature. / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase ...Glutamyl-tRNA reductase / Glutamyl-tRNA reductase, N-terminal / Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase, dimerisation domain / Glutamyl-tRNA reductase, conserved site / Glutamyl-tRNA reductase, N-terminal domain superfamily / Glutamyl tRNA-reductase dimerization domain superfamily / Glutamyl-tRNAGlu reductase, dimerisation domain / Glutamyl-tRNAGlu reductase, N-terminal domain / Glutamyl-tRNA reductase signature. / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamyl-tRNA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma volcanium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.648 Å
データ登録者Michalska, K. / Marshall, N. / Clancy, S. / Puttagunta, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glutamyl-tRNA reductase from Thermoplasma volcanium (nucleotide binding domain)
著者: Michalska, K. / Marshall, N. / Clancy, S. / Puttagunta, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2010年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamyl-tRNA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,17710
ポリマ－16,3361
非ポリマー8419
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.52, 92.52, 33.47
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細full-length protein is active as a dimer

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要素

#1: タンパク質 Glutamyl-tRNA reductase / GluTR


分子量: 16336.133 Da / 分子数: 1 / 断片: nucleotide binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / 株: GSS1 / 遺伝子: hemA, TV0590, TVG0579613 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q97B68, glutamyl-tRNA reductase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 2.0 ammonium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791831 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791831 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.648→50 Å / Num. all: 20664 / Num. obs: 19834 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 995 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.648→25.687 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1833 1007 5.08 %random
Rwork0.1596 ---
all0.1608 20835 --
obs0.1608 19828 98.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.393 Å2 / ksol: 0.424 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9674 Å2-0 Å20 Å2
2---0.9674 Å2-0 Å2
3---1.9347 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.648→25.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1094 0 51 84 1229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2981634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.517475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6476-1.73440.23811490.21192645X-RAY DIFFRACTION99
1.7344-1.84310.20351740.18282695X-RAY DIFFRACTION100
1.8431-1.98530.18791510.1582658X-RAY DIFFRACTION99
1.9853-2.1850.18971370.14352696X-RAY DIFFRACTION100
2.185-2.50090.17781330.13782697X-RAY DIFFRACTION99
2.5009-3.150.1861310.15062706X-RAY DIFFRACTION98
3.15-25.68980.16371320.16332724X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9635-0.22130.36021.3551-0.06290.14470.0596-0.3254-0.01130.28390.0447-0.0813-0.0248-0.0065-0.05780.176-0.023-0.02290.15870.02390.140136.768459.66219.9276
21.36921.0001-0.0671.3476-0.63981.44260.0160.002-0.08350.09990.0042-0.10890.1148-0.0103-0.0150.1983-0.0534-0.03690.1160.03510.192330.822946.90993.2243
31.75390.80780.67911.74270.49022.4144-0.3952-0.05630.035-0.2949-0.0250.0630.14-0.22660.26670.2299-0.0633-0.04820.10450.03690.188226.449342.92590.2233
40.63330.08580.1751.4044-1.01960.8680.06790.2261-0.0995-0.58440.05720.09630.2779-0.0015-0.09720.2387-0.0378-0.06910.1130.01730.189227.720853.0837-5.9858
51.1953-0.9331.02852.8069-1.71561.5510.2110.21360.0322-0.6784-0.05540.21210.08310.0856-0.11360.23520.0054-0.08160.14650.01170.156929.607659.7187-7.8636
60.47370.36910.29450.54060.75461.5126-0.00540.0238-0.0207-0.01560.1255-0.056-0.08710.1943-0.12710.1227-0.0038-0.01350.1299-0.00310.138746.584264.93525.688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:15)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 16:57)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 58:71)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 72:90)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 91:118)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 119:138)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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