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- PDB-2rnk: NMR structure of the domain 513-651 of the SARS-CoV nonstructural... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2rnk
タイトルNMR structure of the domain 513-651 of the SARS-CoV nonstructural protein nsp3
要素Replicase polyprotein 1ab
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV / SARS-unique domain / nonstructural protein / nsp3 / nsp3c / Functional and Structural Proteomics of SARS-CoV-Related Proteins / FSPS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / ATP-binding / Cytoplasm / Endonuclease / Exonuclease / Helicase / Hydrolase / Membrane / Metal-binding / Nuclease / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Protease / Ribosomal frameshift / RNA replication / RNA-binding / RNA-directed RNA polymerase / Thiol protease / Transferase / Transmembrane / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA-directed RNA polymerase complex / viral replication complex formation and maintenance / exoribonuclease complex / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction => GO:0039527 / : / : / : / cytoplasmic viral factory / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / symbiont-mediated suppression of host translation ...viral RNA-directed RNA polymerase complex / viral replication complex formation and maintenance / exoribonuclease complex / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction => GO:0039527 / : / : / : / cytoplasmic viral factory / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / symbiont-mediated suppression of host translation / : / : / endopeptidase complex / endoribonuclease complex / mRNA capping enzyme complex / positive stranded viral RNA replication / positive regulation of RNA biosynthetic process / Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / protein K48-linked deubiquitination / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / RNA-templated transcription / viral transcription / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / protein autoprocessing / 7-methylguanosine mRNA capping / membrane => GO:0016020 / positive regulation of viral genome replication / DNA helicase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / helicase activity / protein processing / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / double-stranded RNA binding / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / ISG15-specific peptidase activity / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / endonuclease activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nsp3, SUD-M subdomain / Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus ...Nsp3, SUD-M subdomain / Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsThe middle domain of the SARS-unique region of the nonstructural protein 3 of the SARS coronavirus
データ登録者Chatterjee, A. / Johnson, M.A. / Serrano, P. / Pedrini, B. / Joseph, J. / Saikatendu, K. / Neuman, B.W. / Wilson, I.A. / Stevens, R.C. / Buchmeier, M.J. ...Chatterjee, A. / Johnson, M.A. / Serrano, P. / Pedrini, B. / Joseph, J. / Saikatendu, K. / Neuman, B.W. / Wilson, I.A. / Stevens, R.C. / Buchmeier, M.J. / Kuhn, P. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: Nuclear magnetic resonance structure shows that the severe acute respiratory syndrome coronavirus-unique domain contains a macrodomain fold.
著者: Chatterjee, A. / Johnson, M.A. / Serrano, P. / Pedrini, B. / Joseph, J.S. / Neuman, B.W. / Saikatendu, K. / Buchmeier, M.J. / Kuhn, P. / Wuthrich, K.
履歴
登録2008年1月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年2月5日ID: 2JWI
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicase polyprotein 1ab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8591
ポリマ－15,8591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #12closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Replicase polyprotein 1ab / pp1ab / ORF1ab polyprotein [includes: Replicase polyprotein 1a / Non-structural proteins 1 / 2 / 3 ...pp1ab / ORF1ab polyprotein [includes: Replicase polyprotein 1a / Non-structural proteins 1 / 2 / 3 / 4 / 3C-like proteinase / Non-structural proteins 6 / 7 / 8 / 9 / 10 / RNA-directed RNA polymerase / Helicase / Exoribonuclease / Uridylate-specific endoribonuclease / Putative 2'-O-methyl transferase]


分子量: 15859.375 Da / 分子数: 1
断片: Non-structural protein 3 (Domain 513-651): Residues 1331-1469
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
属: Coronavirus / 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P59641, UniProt: P0C6X7*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCO
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D (H)CCH-COSY
1913D C(CO)NH
11013D H(CCO)NH
11113D 1H-15N TOCSY
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY aliphatic region
11413D 1H-13C NOESY aromatic region

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-99% 13C; U-98% 15N] nsp3(513-651), 25 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.2 mM [U-98% 15N] nsp3(513-651), 25 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMnsp3(513-651)[U-99% 13C; U-98% 15N]1
25 mMsodium phosphate1
150 mMsodium chloride1
2 mMsodium azide1
10 %D2O1
1.2 mMnsp3(513-651)[U-98% 15N]2
25 mMsodium phosphate2
150 mMsodium chloride2
2 mMsodium azide2
10 %D2O2
試料状態イオン強度: 0.227 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.3Bruker Biospincollection
CYANA1.3Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANA1.2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichcreating chemical shift list
CYANA1.2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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