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- PDB-3ohu: Crystal structure of the human Bach2 POZ domain, form I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ohu
タイトルCrystal structure of the human Bach2 POZ domain, form I
要素Transcription regulator protein BACH2
キーワードTRANSCRIPTION / BTB/POZ domain
機能・相同性
機能・相同性情報


primary adaptive immune response involving T cells and B cells / import into nucleus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...primary adaptive immune response involving T cells and B cells / import into nucleus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
BACH, basic leucine zipper (bZIP) domain / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily ...BACH, basic leucine zipper (bZIP) domain / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription regulator protein BACH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rosbrook, G.O. / Stead, M.A. / Carr, S.B. / Wright, S.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The structure of the Bach2 POZ-domain dimer reveals an intersubunit disulfide bond.
著者: Rosbrook, G.O. / Stead, M.A. / Carr, S.B. / Wright, S.C.
履歴
登録2010年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription regulator protein BACH2
B: Transcription regulator protein BACH2
C: Transcription regulator protein BACH2
D: Transcription regulator protein BACH2
E: Transcription regulator protein BACH2
F: Transcription regulator protein BACH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6236
ポリマ－85,6236
非ポリマー00
水4,972276
1
A: Transcription regulator protein BACH2
B: Transcription regulator protein BACH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5412
ポリマ－28,5412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
2
C: Transcription regulator protein BACH2
F: Transcription regulator protein BACH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5412
ポリマ－28,5412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12350 Å2
手法PISA
3
D: Transcription regulator protein BACH2
E: Transcription regulator protein BACH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5412
ポリマ－28,5412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area12420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.600, 96.970, 82.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Transcription regulator protein BACH2 / BTB and CNC homolog 2


分子量: 14270.508 Da / 分子数: 6 / 断片: POZ domain, UNP residues 9-129 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Bach2 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9BYV9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium sulphate 0.1 M MES pH 5.5 4% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→54.57 Å / Num. all: 50244 / Num. obs: 49842 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.872 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ihc

2ihc


解像度: 2.1→40.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 13.851 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25661 2529 5.1 %RANDOM
Rwork0.20987 ---
obs0.21231 47289 99.17 %-
all-50244 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.35 Å20 Å22.14 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5710 0 0 276 5986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.9618055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7145742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.15923.132281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.071151047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9971554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4311.53641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83825887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37732295
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3234.52162
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 164 -
Rwork0.29 3539 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75540.82370.11072.43861.24080.9406-0.03170.04960.0112-0.03650.02220.1121-0.0227-0.01660.00940.35290.0127-0.04850.30740.03570.311718.7231.16646.467
21.88540.6439-1.17812.1629-0.08563.67710.15-0.22620.09530.2639-0.14020.21280.0766-0.1267-0.00980.308-0.0346-0.01730.32750.02860.281413.5054.65462.856
31.5770.242-0.40341.45581.86494.2125-0.14090.1024-0.0295-0.2988-0.0720.0462-0.08360.05470.21280.4548-0.0072-0.04640.2490.0280.318118.811-4.51941.39
41.81411.7610.4145.41450.2743.199-0.01790.2127-0.04-0.2057-0.0128-0.1098-0.4560.30180.03060.3525-0.0216-0.03820.28950.00920.301421.388-15.87932.912
52.97911.6744-2.33132.3798-1.94613.20810.3294-0.00530.23760.24880.01830.2386-0.36830.0811-0.34770.376-0.0030.06280.38380.01520.282616.459-0.9323.278
68.06332.76863.14826.01933.578110.98351.0298-0.43851.13820.6854-0.21831.1052-2.0217-0.3524-0.81150.99570.05790.77570.12310.08150.727812.55515.0555.478
72.0991-0.1375-1.27811.9717-0.33452.79790.08570.01210.0659-0.01040.0052-0.0614-0.09690.1437-0.09090.2962-0.0006-0.05790.3158-0.02210.3733-6.86220.48643.004
81.01630.1156-0.17863.3488-1.02252.4148-0.0844-0.0123-0.26860.19170.01270.01270.16730.03910.07180.31310.0291-0.03030.2867-0.02860.4431-8.4825.30247.928
91.43830.1162-0.09142.644-1.09881.456-0.00470.08640.1407-0.37760.0152-0.07650.03170.0801-0.01050.3263-0.02850.00920.2889-0.0450.3211-3.99728.29229.451
103.0382.1014-1.007214.7551-0.26630.36620.11870.3523-0.1913-1.2696-0.1915-0.7237-0.0346-0.05450.07280.47730.13860.13250.5043-0.00820.32237.90124.70723.19
112.91781.1183-1.8215.0835-1.32892.79190.07670.17260.1772-0.11130.12680.2533-0.0216-0.1272-0.20360.31570.00390.03980.41820.07080.28999.143-10.1764.589
121.7471.9542-2.12433.9078-2.22963.5504-0.04540.0689-0.1982-0.183-0.0848-0.23120.21070.00610.13020.2860.0098-0.01710.36780.04540.29146.657-22.212.748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2A80 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3B10 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4B69 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5C10 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6C99 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7D10 - 79
8X-RAY DIFFRACTION8D80 - 129
9X-RAY DIFFRACTION9E10 - 116
10X-RAY DIFFRACTION10E117 - 126
11X-RAY DIFFRACTION11F12 - 61
12X-RAY DIFFRACTION12F62 - 129

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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