PDB-3ohh: Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ohh

タイトル

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) complex with bms-681889 aka n~1~-butyl-5-cyano- n~3~-((1s,2r)-1-(3,5-difluorobenzyl)-2-hydroxy-3-((3- methoxybenzyl)amino)propyl)-n~1~-methyl-1h-indole-1,3- dicarboxamide

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Alzheimer's disease / beta-secretase / memapsin 2 / aspartic protease / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Muckelbauer, J.K.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Synthesis and SAR of indole-and 7-azaindole-1,3-dicarboxamide hydroxyethylamine inhibitors of BACE-1.
著者: Marcin, L.R. / Higgins, M.A. / Zusi, F.C. / Zhang, Y. / Dee, M.F. / Parker, M.F. / Muckelbauer, J.K. / Camac, D.M. / Morin, P.E. / Ramamurthy, V. / Tebben, A.J. / Lentz, K.A. / Grace, J.E. / ...

履歴

登録	2010年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ohh.cif.gz	188.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ohh.ent.gz	153.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ohh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ohh_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ohh_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3ohh_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	3ohh_validation.cif.gz	63.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/3ohh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/3ohh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ohfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ohf-d 2cfh-d 5u9o-2 2vl1-1 2aer-d 2v8g-1 2quk-1 4r81-d 1wtg-d 3a04-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (6) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.177, 86.551, 130.448
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.450, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1071- HOH

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Beta-site app cleaving enzyme 1 / beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / aspartyl ...Beta-site app cleaving enzyme 1 / beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / aspartyl protease 2 / asp 2 / asp2 / membrane-associated aspartic protease 2 / memapsin-2 分子量: 50220.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / プラスミド: pET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-3HH / N~1~-butyl-5-cyano-N~3~-{(1S,2R)-1-(3,5-difluorobenzyl)-2-hydroxy-3-[(3-methoxybenzyl)amino]propyl}-N~1~-methyl-1H-indole-1,3-dicarboxamide 分子量: 617.685 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₇F₂N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1043 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: PEG 8000, 0.1M Na Cacodylate pH 6.2, 0.2M Ammonium Sulfate, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.541 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.541 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 22.4 / 数: 306147 / R_merge(I) obs: 0.068 / Χ²: 1.03 / D res high: 2.01 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 66806 / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.33	50	99.4	1	0.03	1.236	4.7
3.44	4.33	100	1	0.036	1.236	4.7
3	3.44	100	1	0.054	1.096	4.7
2.73	3	100	1	0.077	0.963	4.7
2.53	2.73	100	1	0.11	0.949	4.6
2.38	2.53	100	1	0.155	0.981	4.6
2.26	2.38	100	1	0.196	0.997	4.6
2.17	2.26	100	1	0.241	0.963	4.6
2.08	2.17	100	1	0.312	0.918	4.5
2.01	2.08	91.6	1	0.361	0.888	4.2

反射

解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 66806 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Χ²: 1.027 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.01-2.08	4.2	0.361	6129	0.888	1	91.6
2.08-2.17	4.5	0.312	6734	0.918	1	100
2.17-2.26	4.6	0.241	6723	0.963	1	100
2.26-2.38	4.6	0.196	6695	0.997	1	100
2.38-2.53	4.6	0.155	6724	0.981	1	100
2.53-2.73	4.6	0.11	6709	0.949	1	100
2.73-3	4.7	0.077	6746	0.963	1	100
3-3.44	4.7	0.054	6738	1.096	1	100
3.44-4.33	4.7	0.036	6761	1.236	1	100
4.33-50	4.7	0.03	6847	1.236	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000	(SCALEPACK)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.828 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2133	3379	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1706	-	-	-
obs	0.1727	66806	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.72 Å² / B_iso mean: 27.0378 Å² / B_iso min: 10.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.27 Å²	0 Å²	0.18 Å²
2-	-	-1.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6051	0	118	1043	7212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6441
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.134	1.965	8798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.21	5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.353	23.918	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.194	15	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.898	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	3054
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	4381
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	954
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.574	1.5	4015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.959	2	6328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.172	3	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.831	4.5	2452

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.063 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	238	-
R_work	0.23	4435	-
all	-	4673	-
obs	-	-	95.06 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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