PDB-3ohf: Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (BACE-WT) co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ohf

タイトル

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (BACE-WT) complex with bms-655295 aka n~3~-((1s,2r)-1- benzyl-2-hydroxy-3-((3-methoxybenzyl)amino)propyl)-n~1~, n~1~-dibutyl-1h-indole-1,3-dicarboxamide

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Alzheimer's disease / beta-secretase / memapsin 2 / aspartic protease / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Muckelbauer, J.K.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Synthesis and SAR of indole-and 7-azaindole-1,3-dicarboxamide hydroxyethylamine inhibitors of BACE-1.
著者: Marcin, L.R. / Higgins, M.A. / Zusi, F.C. / Zhang, Y. / Dee, M.F. / Parker, M.F. / Muckelbauer, J.K. / Camac, D.M. / Morin, P.E. / Ramamurthy, V. / Tebben, A.J. / Lentz, K.A. / Grace, J.E. / ...

履歴

登録	2010年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年3月1日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ohf.cif.gz	181.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ohf.ent.gz	148.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ohf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/3ohf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/3ohf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ohhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ohh-d 5eya-d 3g2f-d 7kfx-d 1wun-d 2cfh-d 4f8y-d 3lcm-d 6op5-2 2vl1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (6) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.982, 130.233, 86.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Membrane- ...Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2 分子量: 50220.492 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 14-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / プラスミド: pET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-3HF / N~3~-{(1S,2R)-1-benzyl-2-hydroxy-3-[(3-methoxybenzyl)amino]propyl}-N~1~,N~1~-dibutyl-1H-indole-1,3-dicarboxamide 分子量: 598.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₆N₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: PEG 8000, 0.1M Na Cacodylate pH 6.2, 0.2M Ammonium Sulfate, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.541 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.541 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.9 % / Av σ(I) over netI: 16.5 / 数: 347878 / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 1.01 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 59346 / % possible obs: 99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.52	50	98.9	1	0.044	1.373	5.2
3.59	4.52	98.6	1	0.058	1.773	5.4
3.14	3.59	99.1	1	0.077	1.21	5.6
2.85	3.14	99.7	1	0.121	1.018	5.7
2.65	2.85	100	1	0.176	0.907	5.8
2.49	2.65	100	1	0.249	0.846	6
2.37	2.49	100	1	0.314	0.809	6.1
2.26	2.37	100	1	0.352	0.799	6.2
2.18	2.26	100	1	0.387	0.787	6.2
2.1	2.18	100	1	0.486	0.748	6.3

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 59346 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 6.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	6.3	0.486	5894	0.748	1	100
2.18-2.26	6.2	0.387	5858	0.787	1	100
2.26-2.37	6.2	0.352	5873	0.799	1	100
2.37-2.49	6.1	0.314	5906	0.809	1	100
2.49-2.65	6	0.249	5910	0.846	1	100
2.65-2.85	5.8	0.176	5896	0.907	1	100
2.85-3.14	5.7	0.121	5931	1.018	1	99.7
3.14-3.59	5.6	0.077	5930	1.21	1	99.1
3.59-4.52	5.4	0.058	5942	1.773	1	98.6
4.52-50	5.2	0.044	6206	1.373	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.656 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2481	2983	5 %	RANDOM
R_work	0.2032	-	-	-
obs	0.2054	59199	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 183.14 Å² / B_iso mean: 27.1686 Å² / B_iso min: 11.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6069	0	102	802	6973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6340
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.17	1.962	8621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.169	5	774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.434	23.873	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.312	15	987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.336	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	4279
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.162	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.559	1.5	3859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.01	2	6215
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.2	3	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.034	4.5	2405

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	223	-
R_work	0.227	4105	-
all	-	4328	-
obs	-	-	99.65 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)