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万見
- PDB-3ohb: Yeast DNA polymerase eta extending from an 8-oxoG lesion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ohb
タイトルYeast DNA polymerase eta extending from an 8-oxoG lesion
要素
  • 5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*(DOC))-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*(8OG)P*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*C)-3'
  • DNA polymerase eta
キーワードTRANSFERASE/DNA / Protein-DNA complex / Nucleotidyltransferase / DNA-directed DNA Polymerase / DNA repair / DNA replication / DNA binding / nucleotide binding / metal binding / magnesium binding / Nucleus / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA replication ...Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrion / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Silverstein, T.D. / Jain, R. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural basis for error-free replication of oxidatively damaged DNA by yeast DNA polymerase eta.
著者: Silverstein, T.D. / Jain, R. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2010年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase eta
T: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*(8OG)P*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*C)-3'
P: 5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*(DOC))-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8919
ポリマ－67,0873
非ポリマー8046
水10,827601
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.958, 228.268, 85.932
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase eta / Radiation-sensitive protein 30


分子量: 58813.402 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-513 / 変異: K140A, S144W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DBH1, RAD30, YDR419W / プラスミド: pSL414 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q04049, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*(8OG)P*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*C)-3'


分子量: 5068.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*(DOC))-3'


分子量: 3205.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 4種, 607分子

#4: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月21日
放射モノクロメーター: Phase II Single-Crystal Side-Bounce Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 58811 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.112 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.077.50.57657940.976100
2.07-2.157.50.40358310.997100
2.15-2.257.50.28958031.061100
2.25-2.377.50.23258301.097100
2.37-2.527.50.18658451.018100
2.52-2.717.50.14258501.065100
2.71-2.997.40.10658740.952100
2.99-3.427.40.08758961.068100
3.42-4.317.30.08559351.027100
4.31-507.10.06161531.02199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1JIH

1jih


解像度: 2→47.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.1884 / WRfactor Rwork: 0.156 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9033 / SU B: 5.445 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.1239 / SU Rfree: 0.1179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1884 2977 5.1 %RANDOM
Rwork0.1559 ---
obs0.1576 58786 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.02 Å2 / Biso mean: 26.4401 Å2 / Biso min: 9.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å20 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4048 490 45 601 5184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224836
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5352.1046680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94137661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9285549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3825.132189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95915768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2031518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.52636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1921.51063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43724282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.18432200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4734.52386
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 187 -
Rwork0.201 4052 -
all-4239 -
obs--98.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5532-0.5329-0.60240.79130.74861.22840.01760.0250.0052-0.0157-0.0575-0.03580.0101-0.05440.03990.0947-0.00930.01530.10810.01050.109-22.167543.83885.5515
20.4255-0.0439-0.03321.47990.3320.7403-0.03640.0042-0.1412-0.0353-0.0146-0.13580.22560.02180.0510.11830.03060.03010.0745-0.00030.1495-15.542624.9583-2.2038
30.446-0.1436-0.05370.47560.22350.7005-0.00480.00910.01790.0053-0.0035-0.0406-0.02440.03980.00840.079-0.00870.00240.11220.00890.0867-23.799255.397213.0747
42.2916-0.34570.48441.1826-0.37680.82340.0520.096-0.18770.0013-0.03690.2443-0.0033-0.0509-0.01510.06960.0096-0.00390.1264-0.02730.1071-47.980848.2680.2627
51.45770.64190.79931.62080.68372.98570.0321-0.0223-0.06670.0414-0.01250.15020.0259-0.1221-0.01960.13440.02690.03870.0110.01220.1342-31.441613.1024.045
61.22370.39320.26161.42320.02970.059-0.0487-0.15480.1769-0.12080.02530.1320.0024-0.030.02330.1676-0.01170.04680.1212-0.00220.1027-43.362124.67334.6683
73.0326-0.7186-0.8860.18140.21660.271-0.01610.06010.1164-0.0018-0.00060.02360.0365-0.04970.01680.2058-0.04940.03680.25960.0390.2786-40.490124.70982.7214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2A73 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3A151 - 306
4X-RAY DIFFRACTION4A307 - 388
5X-RAY DIFFRACTION5A389 - 512
6X-RAY DIFFRACTION6P1 - 11
7X-RAY DIFFRACTION7T4 - 16

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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