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- PDB-3oh8: Crystal structure of the nucleoside-diphosphate sugar epimerase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oh8
タイトルCrystal structure of the nucleoside-diphosphate sugar epimerase from Corynebacterium glutamicum. Northeast Structural Genomics Consortium Target CgR91
要素Nucleoside-diphosphate sugar epimerase (SulA family)
キーワードISOMERASE / DUF1731_C / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / CgR91 / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Lew, S. / Kuzin, A. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Lew, S. / Kuzin, A. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the nucleoside-diphosphate sugar epimerase from Corynebacterium glutamicum. Northeast Structural Genomics Consortium Target CgR91.
著者: Vorobiev, S. / Lew, S. / Kuzin, A. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2010年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside-diphosphate sugar epimerase (SulA family)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9741
ポリマ－56,9741
非ポリマー00
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.497, 74.083, 128.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside-diphosphate sugar epimerase (SulA family)


分子量: 56974.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: cg1819 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q6M4Z6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2% PEG 20000, 0.1M magnesium acetate, 0.1M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97901 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 80580 / Num. obs: 73892 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 22.03
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 8059 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.997→38.776 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 21.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 3556 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.19 71080 88.07 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.556 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 127.27 Å2 / Biso mean: 28.939 Å2 / Biso min: 7.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.956 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.478 Å2-0 Å2
3----6.478 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→38.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3488 0 0 305 3793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0554846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0141263
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.997-2.0240.251730.2132879305294
2.024-2.0530.2281340.19830493183100
2.053-2.0840.2311410.20431033244100
2.084-2.1160.2411680.19430293197100
2.116-2.1510.2471570.19330973254100
2.151-2.1880.2311800.1830203200100
2.188-2.2280.262590.21388994835
2.27-2.3170.253810.2061747182875
2.317-2.3670.2371660.18330363202100
2.367-2.4220.2211350.18730653200100
2.422-2.4830.2451510.18331153266100
2.483-2.550.2261730.18930243197100
2.55-2.6250.2421620.19330513213100
2.625-2.710.2741550.19930753230100
2.71-2.8060.2541670.19831113278100
2.806-2.9190.2221770.18530193196100
2.919-3.0520.1821510.17430773228100
3.052-3.2120.1941770.18530653242100
3.212-3.4140.2181720.1930203192100
3.414-3.6770.249940.1931817191187
3.677-4.0470.1781140.1722031214577
4.047-4.6310.161520.15730823234100
4.631-5.8320.1931580.16230603218100
5.832-38.7840.2221590.19930633222100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 54.671 Å / Origin y: 27.233 Å / Origin z: 38.9902 Å
111213212223313233
T0.0156 Å2-0.0032 Å20.0082 Å2-0.025 Å20.0067 Å2--0.0287 Å2
L0.0781 °2-0.0652 °2-0.0703 °2-0.3216 °2-0.0386 °2--0.1611 °2
S-0.0054 Å °-0.0211 Å °-0.01 Å °-0.0057 Å °0.0137 Å °0.0192 Å °0.0539 Å °-0.021 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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