PDB-3ogk: Structure of COI1-ASK1 in complex with coronatine and an incomple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ogk

タイトル

Structure of COI1-ASK1 in complex with coronatine and an incomplete JAZ1 degron

要素

Coronatine-insensitive protein 1
JAZ1 incomplete degron peptide
SKP1-like protein 1A

キーワード

PROTEIN BINDING / Leucine rich repeat / ubiquitin ligase / SCF

機能・相同性

機能・相同性情報

jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance / regulation of cellular response to alkaline pH / shade avoidance / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / regulation of defense response / anther dehiscence / extracellular ATP signaling / response to insect / regulation of flower development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Sheard, L.B. / Tan, X. / Mao, H. / Withers, J. / Ben-Nissan, G. / Hinds, T.R. / Hsu, F. / Sharon, M. / Browse, J. / He, S.Y. ...

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Jasmonate perception by inositol-phosphate-potentiated COI1-JAZ co-receptor.
著者: Sheard, L.B. / Tan, X. / Mao, H. / Withers, J. / Ben-Nissan, G. / Hinds, T.R. / Kobayashi, Y. / Hsu, F.F. / Sharon, M. / Browse, J. / He, S.Y. / Rizo, J. / Howe, G.A. / Zheng, N.

履歴

登録	2010年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ogk.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ogk.ent.gz	931.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ogk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ogk_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ogk_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	3ogk_validation.xml.gz	221.3 KB	表示
CIF形式データ	3ogk_validation.cif.gz	292.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oglC 3ogmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ogm-d 3ogl-d 6d73-d 6mix-d 6pkx-d 6puo-d 6336 6puu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (14) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (14) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (9) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5)

登録構造単位

A: SKP1-like protein 1A

B: Coronatine-insensitive protein 1

Q: JAZ1 incomplete degron peptide

C: SKP1-like protein 1A

D: Coronatine-insensitive protein 1

R: JAZ1 incomplete degron peptide

E: SKP1-like protein 1A

F: Coronatine-insensitive protein 1

S: JAZ1 incomplete degron peptide

G: SKP1-like protein 1A

H: Coronatine-insensitive protein 1

I: SKP1-like protein 1A

J: Coronatine-insensitive protein 1

U: JAZ1 incomplete degron peptide

K: SKP1-like protein 1A

L: Coronatine-insensitive protein 1

V: JAZ1 incomplete degron peptide

M: SKP1-like protein 1A

N: Coronatine-insensitive protein 1

W: JAZ1 incomplete degron peptide

O: SKP1-like protein 1A

P: Coronatine-insensitive protein 1

X: JAZ1 incomplete degron peptide

ヘテロ分子

710 kDa, 23 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.847, 221.455, 148.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	SKP1-like protein 1A / SKP1-like 1 / UFO-binding protein 1 分子量: 17876.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1, At1g75950, T4O12.17 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q39255
#2: タンパク質	Coronatine-insensitive protein 1 / F-box/LRR-repeat protein 2 / AtFBL2 / AtCOI1 / COI-1 分子量: 67750.234 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: COI1, FBL2, At2g39940, T28M21.10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O04197
#3: タンパク質・ペプチド	JAZ1 incomplete degron peptide 分子量: 2724.196 Da / 分子数: 7 / Fragment: UNP RESIDUES 139-160 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q3ED96, UniProt: Q9LMA8*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-OGK / (1S,2S)-2-ethyl-1-({[(3aS,4S,6R,7aS)-6-ethyl-1-oxooctahydro-1H-inden-4-yl]carbonyl}amino)cyclopropanecarboxylic acid / Coronatine 分子量: 321.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₇NO₄ / コメント: 毒素*YM
#5: 化合物	... ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.7M ammonium phosphate, 100mM BTP, 100mM sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 174966 / Num. obs: 174966 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.8→49.629 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2682	8777	5.02 %
R_work	0.2245	-	-
obs	0.2267	174966	93.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 21.388 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0659 Å²	0 Å²	-1.6663 Å²
2-	-	3.5298 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.464 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.629 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46182	0	344	0	46526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	47307
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.57	63904
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.356	18037
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	7156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	8188

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	759	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	759	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
1	3	E	759	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
1	4	G	759	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	5	I	759	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
1	6	K	759	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	7	M	759	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
1	8	O	759	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
2	1	B	4914	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	4914	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.082
2	3	F	4914	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.074
2	4	J	4914	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
2	5	L	4914	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
2	6	N	4914	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.091
2	7	P	4914	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
3	1	Q	120	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	R	120	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
3	3	S	120	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
3	4	U	120	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
3	5	V	120	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
3	6	W	120	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
3	7	X	120	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8315	0.3983	219	0.3272	4357	X-RAY DIFFRACTION	73
2.8315-2.8648	0.3743	240	0.3339	4798	X-RAY DIFFRACTION	81
2.8648-2.8997	0.3673	252	0.3168	4925	X-RAY DIFFRACTION	83
2.8997-2.9364	0.3833	283	0.2976	5002	X-RAY DIFFRACTION	85
2.9364-2.975	0.3723	267	0.2955	5173	X-RAY DIFFRACTION	87
2.975-3.0158	0.3157	265	0.2996	5127	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0158-3.0589	0.3485	284	0.295	5227	X-RAY DIFFRACTION	89
3.0589-3.1045	0.3644	269	0.2956	5307	X-RAY DIFFRACTION	89
3.1045-3.153	0.3339	279	0.294	5374	X-RAY DIFFRACTION	91
3.153-3.2047	0.3525	309	0.2768	5382	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2047-3.26	0.3233	298	0.2701	5487	X-RAY DIFFRACTION	93
3.26-3.3192	0.3455	276	0.2693	5543	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3192-3.3831	0.2912	313	0.2757	5593	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3831-3.4521	0.3213	294	0.2652	5626	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4521-3.5271	0.3201	312	0.2422	5653	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5271-3.6092	0.2646	307	0.2392	5693	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6092-3.6994	0.2663	280	0.2245	5813	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6994-3.7994	0.2617	296	0.211	5729	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7994-3.9111	0.2487	300	0.2139	5764	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9111-4.0373	0.2361	285	0.2044	5791	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0373-4.1816	0.2455	294	0.2016	5828	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1816-4.3489	0.2244	307	0.1887	5875	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3489-4.5467	0.2158	325	0.1819	5792	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5467-4.7862	0.2301	293	0.1783	5908	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7862-5.0858	0.2074	324	0.1662	5862	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0858-5.478	0.2449	342	0.1756	5832	X-RAY DIFFRACTION	99
5.478-6.0284	0.2159	316	0.175	5881	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0284-6.8988	0.2275	320	0.1796	5904	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8988-8.6842	0.1961	311	0.1555	5968	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6842-49.6368	0.1904	317	0.18	5975	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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