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- PDB-3ogd: AlkA Undamaged DNA Complex: Interrogation of a G*:C base pair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ogd
タイトルAlkA Undamaged DNA Complex: Interrogation of a G*:C base pair
要素
  • 5'-D(*CP*AP*(BRU)P*GP*AP*CP*(BRU)P*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*G)-3'
  • DNA-3-methyladenine glycosylase 2
キーワードHYDROLASE/DNA / helix-hairpin-helix / DNA repair / Alkylation / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylated DNA binding / alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair / protein-DNA complex ...alkylated DNA binding / alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair / protein-DNA complex / base-excision repair / DNA repair / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal / AlkA N-terminal domain / AlkA N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain superfamily / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / : / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 ...DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal / AlkA N-terminal domain / AlkA N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain superfamily / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / : / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA-3-methyladenine glycosylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bowman, B.R. / Lee, S. / Wang, S. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of Escherichia coli AlkA in Complex with Undamaged DNA.
著者: Bowman, B.R. / Lee, S. / Wang, S. / Verdine, G.L.
履歴
登録2010年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-3-methyladenine glycosylase 2
B: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*AP*(BRU)P*GP*AP*CP*(BRU)P*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7363
ポリマ－37,7363
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.700, 139.700, 95.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 DNA-3-methyladenine glycosylase 2 / DNA-3-methyladenine glycosylase II / 3-methyladenine-DNA glycosylase II / inducible / TAG II / DNA- ...DNA-3-methyladenine glycosylase II / 3-methyladenine-DNA glycosylase II / inducible / TAG II / DNA-3-methyladenine glycosidase II


分子量: 32134.967 Da / 分子数: 1 / 変異: L125C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: aidA, alkA, b2068, JW2053 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RD2 / 参照: UniProt: P04395, DNA-3-methyladenine glycosylase II
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*G)-3'


分子量: 2755.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*(BRU)P*GP*AP*CP*(BRU)P*GP*C)-3'


分子量: 2845.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25-29% peg3350, 100mM Bis-Tris 6.0-6.6, 200mM LiSo, 3% 6-aminocaproic acid, pH 6.0-6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9197 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月25日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.779→50 Å / Num. obs: 12042 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.349 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.980.60311880.927100
2.9-3.0280.40511790.916100
3.02-3.1580.28512041.064100
3.15-3.327.90.18211771.354100
3.32-3.537.90.13511951.642100
3.53-3.87.80.10912011.817100
3.8-4.187.50.08511951.947100
4.18-4.797.20.07112241.77399.9
4.79-6.037.10.06412261.33499.8
6.03-506.70.04512530.70995.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DIZ

1diz


解像度: 2.8→44.177 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7759 / SU ML: 2.58 / σ(F): 0.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2693 1043 4.88 %
Rwork0.2152 --
obs0.2179 -94.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.543 Å2 / ksol: 0.286 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 207 Å2 / Biso mean: 102.6048 Å2 / Biso min: 60.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.7597 Å2-0 Å20 Å2
2---13.7597 Å2-0 Å2
3---27.5194 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2258 363 0 0 2621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0173789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9541003
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.779-2.92540.41131050.30842490259580
2.9254-3.10870.30041310.26392778290990
3.1087-3.34860.2571610.24572918307995
3.3486-3.68550.28371540.23223030318498
3.6855-4.21840.23481640.19933076324099
4.2184-5.31330.27191730.179830393212100
5.3133-44.18260.26111550.20643017317297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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