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万見
- PDB-3ogb: Sperm whale myoglobin mutant H64W deoxy-form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ogb
タイトルSperm whale myoglobin mutant H64W deoxy-form
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Myoglobin / ligand migration pathways / oxygen storage
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Birukou, I. / Soman, J. / Olson, J.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Blocking the gate to ligand entry in human hemoglobin.
著者: Birukou, I. / Soman, J. / Olson, J.S.
履歴
登録2010年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,89411
ポリマ－17,4131
非ポリマー1,48110
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.830, 47.130, 88.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17413.225 Da / 分子数: 1 / 変異: H65W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PHAGE RESISTANT TB1 / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: small tubes / pH: 9
詳細: Solution of MB (carbonmonoxy-form) (20mg/ml protein in 0.02M TRIS-HCl pH 9.0) mixed with mother liquor (3.2M ammonium sulphate, 0.05M TRIS-HCl, pH 9.0) for final concentrations of 2.5M ...詳細: Solution of MB (carbonmonoxy-form) (20mg/ml protein in 0.02M TRIS-HCl pH 9.0) mixed with mother liquor (3.2M ammonium sulphate, 0.05M TRIS-HCl, pH 9.0) for final concentrations of 2.5M ammonium sulphate to obtain crystals of MBCO. MBCO crystals were oxidyzed by excess of potassium ferricyanide, washed in mother liquor and reduced under anaerobic conditions with sodium dithionite, SMALL TUBES, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月23日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→23.57 Å / Num. obs: 21466 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.65 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 15.5 / Scaling rejects: 695
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured all% possible all
1.6-1.663.660.2634.1198891
1.66-1.723.630.2584.7189491.4
1.72-1.83.550.2165.5205293.4
1.8-1.93.530.1716.5207894.5
1.9-2.023.480.1278.7213597.5
2.02-2.173.480.09811.1219699
2.17-2.393.710.07914219599
2.39-2.733.790.05918.62234100
2.73-3.443.840.0427.2225699.2
3.44-23.573.750.02745.9234898.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.3Ldata processing
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3NML

3nml


解像度: 1.6→23.565 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2026 1055 4.92 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1809 21429 96.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.04 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.122 Å2 / ksol: 0.435 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 73.49 Å2 / Biso mean: 20.7404 Å2 / Biso min: 9.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9137 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.4889 Å2-0 Å2
3----0.4248 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.565 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1229 0 88 249 1566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0882021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.507542
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.67280.54691080.46012375248391
1.6728-1.7610.37391210.32942377249892
1.761-1.87130.30561290.23812422255194
1.8713-2.01570.21681100.17312567267797
2.0157-2.21840.18251220.16992610273299
2.2184-2.5390.19711610.162926112772100
2.539-3.19770.19311610.161826482809100
3.1977-23.56750.15571430.15352764290799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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