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- PDB-3og5: Crystal Structure of BamA POTRA45 tandem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3og5
タイトルCrystal Structure of BamA POTRA45 tandem
要素Outer membrane protein assembly complex, YaeT protein
キーワードPROTEIN BINDING / POTRA fold / Insertion of outer membrane proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
membrane protein fhac / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Ubiquitin-like (UB roll) ...membrane protein fhac / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Outer membrane protein assembly factor BamA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Gatzeva-Topalova, P.Z. / Warner, L.R. / Pardi, A. / Sousa, M.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structure and Flexibility of the Complete Periplasmic Domain of BamA: The Protein Insertion Machine of the Outer Membrane
著者: Gatzeva-Topalova, P.Z. / Warner, L.R. / Pardi, A. / Sousa, M.C.
履歴
登録2010年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly complex, YaeT protein
B: Outer membrane protein assembly complex, YaeT protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8732
ポリマ－37,8732
非ポリマー00
水90150
1
A: Outer membrane protein assembly complex, YaeT protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9361
ポリマ－18,9361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Outer membrane protein assembly complex, YaeT protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9361
ポリマ－18,9361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.492, 118.492, 69.992
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly complex, YaeT protein


分子量: 18936.482 Da / 分子数: 2 / 断片: POTRA45 DOMAIN (unp residues 264-424) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yaeT / プラスミド: pMS487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: D5CVA9, UniProt: P0A940*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 1.68M ammonium sulfate, 3% PEG 400, 0.25M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→40 Å / Num. obs: 29399 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.34 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.69-2.81.40.24229181.18897.3
2.8-2.911.50.20429721.17297.5
2.91-3.041.50.16629671.20897.8
3.04-3.21.50.13129681.22197.2
3.2-3.41.50.10929571.34597.8
3.4-3.661.50.09329551.41397
3.66-4.031.40.07529341.54496.7
4.03-4.621.40.06629451.56596.3
4.62-5.811.40.06328561.41494.9
5.81-401.40.05429271.35195.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.69→38.786 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8206 / SU ML: 0.4 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 2828 9.96 %
Rwork0.2115 --
obs0.2163 28390 93.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.374 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 218.24 Å2 / Biso mean: 42.8419 Å2 / Biso min: 2.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.3412 Å2-0 Å2-0 Å2
2--8.3412 Å20 Å2
3----12.9726 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→38.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2301 0 0 50 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2043143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.743873
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.69-2.79060.28722620.26582359262187
2.7906-2.90230.3372690.25472487275690
2.9023-3.03440.31772800.24162506278692
3.0344-3.19430.27112820.21122549283193
3.1943-3.39430.25332950.20762597289295
3.3943-3.65620.24242920.19232617290996
3.6562-4.02380.21282800.17312627290796
4.0238-4.60520.22572880.1732638292696
4.6052-5.7990.23832950.19262553284894
5.799-38.78960.28262850.2452629291495

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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