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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3og5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of BamA POTRA45 tandem | ||||||
要素 | Outer membrane protein assembly complex, YaeT protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / POTRA fold / Insertion of outer membrane proteins | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / 細胞接着 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.69 Å | ||||||
データ登録者 | Gatzeva-Topalova, P.Z. / Warner, L.R. / Pardi, A. / Sousa, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2010 タイトル: Structure and Flexibility of the Complete Periplasmic Domain of BamA: The Protein Insertion Machine of the Outer Membrane 著者: Gatzeva-Topalova, P.Z. / Warner, L.R. / Pardi, A. / Sousa, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3og5.cif.gz | 125.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3og5.ent.gz | 103.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3og5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3og5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3og5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18936.482 Da / 分子数: 2 / 断片: POTRA45 DOMAIN (unp residues 264-424) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yaeT / プラスミド: pMS487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: D5CVA9, UniProt: P0A940*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.16 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 1.68M ammonium sulfate, 3% PEG 400, 0.25M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.69→40 Å / Num. obs: 29399 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.34 / Net I/σ(I): 8.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.69→38.786 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8206 / SU ML: 0.4 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.374 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 218.24 Å2 / Biso mean: 42.8419 Å2 / Biso min: 2.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→38.786 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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