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万見
- PDB-3oe3: Crystal structure of PliC-St, periplasmic lysozyme inhibitor of C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oe3
タイトルCrystal structure of PliC-St, periplasmic lysozyme inhibitor of C-type lysozyme from Salmonella typhimurium
要素Putative periplasmic protein
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / beta barrel
機能・相同性C-type lysozyme inhibitor / Membrane-bound lysozyme-inhibitor of c-type lysozyme / C-type lysozyme inhibitor superfamily / C-type lysozyme inhibitor / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / membrane / Periplasmic protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Leysen, S. / Van Herreweghe, J.M. / Callewaert, L. / Heirbaut, M. / Buntinx, P. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis of Bacterial Defense against Host Lysozymes: X-ray Structures of Periplasmic Lysozyme Inhibitors PliI and PliC.
著者: Leysen, S. / Van Herreweghe, J.M. / Callewaert, L. / Heirbaut, M. / Buntinx, P. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2010年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative periplasmic protein
B: Putative periplasmic protein
C: Putative periplasmic protein
D: Putative periplasmic protein
E: Putative periplasmic protein
F: Putative periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,90712
ポリマ－67,7696
非ポリマー1386
水7,386410
1
A: Putative periplasmic protein
C: Putative periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6595
ポリマ－22,5902
非ポリマー693
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
2
B: Putative periplasmic protein
D: Putative periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6133
ポリマ－22,5902
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
3
E: Putative periplasmic protein
F: Putative periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6364
ポリマ－22,5902
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.383, 34.685, 74.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Putative periplasmic protein


分子量: 11294.914 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: STM1249 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZPY8
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% (w/v) PEG8000, 0.1M imidazole, 0.2M NaCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793, 0.9755
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97551
反射解像度: 1.51→19.765 Å / Num. all: 72824 / Num. obs: 72824 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.51-1.594.50.683148573107660.68396.2
1.59-1.6950.481.451632103520.4897.5
1.69-1.850.272.44884196800.2796.9
1.8-1.955.10.1733.74555189400.17396.2
1.95-2.145.20.1135.44233282100.11395.4
2.14-2.395.20.15.43809873310.194.5
2.39-2.765.30.0876.13384764300.08793.3
2.76-3.385.30.0776.32835153540.07791.6
3.38-4.785.20.0628.41997838500.06284.6
4.78-19.7655.30.0716.41018419110.07173.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9data processing
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.51→19.765 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.8089 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 2087 2.87 %
Rwork0.2079 --
obs0.209 72698 93.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.425 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 162.75 Å2 / Biso mean: 28.0051 Å2 / Biso min: 7.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4582 Å20 Å2-0.3151 Å2
2--1.4762 Å20 Å2
3---1.0336 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→19.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4011 0 6 410 4427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.975484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0281494
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.51-1.54510.33071300.33134612474293
1.5451-1.58370.36551470.30354877502497
1.5837-1.62650.33831460.27114823496997
1.6265-1.67440.27051500.25284809495997
1.6744-1.72840.2811480.22214862501097
1.7284-1.79010.25791260.2064787491396
1.7901-1.86170.2421310.20034813494496
1.8617-1.94640.21931280.18334816494496
1.9464-2.04890.21671200.1714802492295
2.0489-2.17720.19061490.17514731488095
2.1772-2.3450.2131520.17944709486194
2.345-2.58050.23221230.19794705482893
2.5805-2.95290.25171290.20784681481092
2.9529-3.71630.19581480.18114552470090
3.7163-19.76620.27121600.234032419277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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