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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oe3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PliC-St, periplasmic lysozyme inhibitor of C-type lysozyme from Salmonella typhimurium | ||||||
要素 | Putative periplasmic protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE INHIBITOR / beta barrel | ||||||
機能・相同性 | C-type lysozyme inhibitor / Membrane-bound lysozyme-inhibitor of c-type lysozyme / C-type lysozyme inhibitor / C-type lysozyme inhibitor superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / Putative periplasmic protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.51 Å | ||||||
データ登録者 | Leysen, S. / Van Herreweghe, J.M. / Callewaert, L. / Heirbaut, M. / Buntinx, P. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Molecular Basis of Bacterial Defense against Host Lysozymes: X-ray Structures of Periplasmic Lysozyme Inhibitors PliI and PliC. 著者: Leysen, S. / Van Herreweghe, J.M. / Callewaert, L. / Heirbaut, M. / Buntinx, P. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3oe3.cif.gz | 215.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3oe3.ent.gz | 182.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3oe3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3oe3_validation.pdf.gz | 467.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3oe3_full_validation.pdf.gz | 473 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3oe3_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3oe3_validation.cif.gz | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/3oe3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/3oe3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11294.914 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: STM1249 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZPY8 #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 26% (w/v) PEG8000, 0.1M imidazole, 0.2M NaCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793, 0.9755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.51→19.765 Å / Num. all: 72824 / Num. obs: 72824 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 8.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.51→19.765 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.8089 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.425 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.75 Å2 / Biso mean: 28.0051 Å2 / Biso min: 7.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→19.765 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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