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- PDB-3odt: Crystal structure of WD40 beta propeller domain of Doa1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3odt
タイトルCrystal structure of WD40 beta propeller domain of Doa1
要素Protein DOA1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


ribophagy / ubiquitin recycling / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / ubiquitin-modified protein reader activity / G1 to G0 transition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...ribophagy / ubiquitin recycling / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / ubiquitin-modified protein reader activity / G1 to G0 transition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane / protein-containing complex binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PUL domain / PLAA family ubiquitin binding domain / PFU domain superfamily / PUL domain / PFU (PLAA family ubiquitin binding) / PFU domain profile. / PUL domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...PUL domain / PLAA family ubiquitin binding domain / PFU domain superfamily / PUL domain / PFU (PLAA family ubiquitin binding) / PFU domain profile. / PUL domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Armadillo-like helical / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Pashkova, N. / Gakhar, L. / Winistorfer, S.C. / Yu, L. / Ramaswamy, S. / Piper, R.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: WD40 Repeat Propellers Define a Ubiquitin-Binding Domain that Regulates Turnover of F Box Proteins.
著者: Pashkova, N. / Gakhar, L. / Winistorfer, S.C. / Yu, L. / Ramaswamy, S. / Piper, R.C.
履歴
登録2010年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月25日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DOA1
B: Protein DOA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5847
ポリマ－69,2292
非ポリマー3565
水18,5191028
1
A: Protein DOA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8904
ポリマ－34,6141
非ポリマー2753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein DOA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6953
ポリマ－34,6141
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.656, 87.996, 92.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein DOA1


分子量: 34614.367 Da / 分子数: 2 / 断片: WD40 beta propeller domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DOA1, UFD3, ZZZ4, YKL213C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36037
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1028 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 0.1 M CaCl2, 15% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97864,0.97880, 0.96411
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月1日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978641
20.97881
30.964111
反射解像度: 1.35→29.33 Å / Num. all: 107515 / Num. obs: 107515 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.24 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 67.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→28.854 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 5390 5.02 %RANDOM
Rwork0.1364 ---
obs0.1385 107429 91.99 %-
all-107429 --
溶媒の処理減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.605 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1239 Å2-0 Å2-0.3932 Å2
2---0.2131 Å20 Å2
3---0.0892 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→28.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4596 0 16 1028 5640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.396493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7191696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007823
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.39830.33873810.25557538X-RAY DIFFRACTION68
1.3983-1.45430.30715200.22649587X-RAY DIFFRACTION87
1.4543-1.52050.23585110.159310115X-RAY DIFFRACTION91
1.5205-1.60060.21145380.133210145X-RAY DIFFRACTION92
1.6006-1.70090.1895740.122410292X-RAY DIFFRACTION94
1.7009-1.83220.18985740.123910530X-RAY DIFFRACTION95
1.8322-2.01650.17435680.129710816X-RAY DIFFRACTION97
2.0165-2.30820.16375740.125110887X-RAY DIFFRACTION98
2.3082-2.90770.15955830.132810981X-RAY DIFFRACTION99
2.9077-28.86090.13925670.128911148X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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