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- PDB-3odl: Crystal structure of cyclophilin A in complex with Voclosporin Z-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3odl
タイトルCrystal structure of cyclophilin A in complex with Voclosporin Z-ISA247
要素
  • Cyclophilin A
  • Voclosporin
キーワードISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / CALCINEURIN INHIBITION / CALCINEURIN / CYCLOSPORIN / PSORIASIS / IMMUNOSUPPRESSANT / VOCLOSPORIN / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / Basigin interactions / protein peptidyl-prolyl isomerization / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / negative regulation of protein phosphorylation / Calcineurin activates NFAT / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / negative regulation of protein kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / positive regulation of protein secretion / peptidylprolyl isomerase / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / platelet activation / platelet aggregation / neuron differentiation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / integrin binding / unfolded protein binding / Platelet degranulation / protein folding / positive regulation of protein phosphorylation / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Tolypocladium inflatum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Stihle, M. / Benz, J. / Hennig, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the cyclophilin A binding affinity and immunosuppressive potency of E-ISA247 (voclosporin).
著者: Kuglstatter, A. / Mueller, F. / Kusznir, E. / Gsell, B. / Stihle, M. / Thoma, R. / Benz, J. / Aspeslet, L. / Freitag, D. / Hennig, M.
履歴
登録2010年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclophilin A
B: Voclosporin
C: Cyclophilin A
D: Voclosporin
E: Cyclophilin A
F: Voclosporin
G: Cyclophilin A
H: Voclosporin
I: Cyclophilin A
J: Voclosporin
K: Cyclophilin A
L: Voclosporin
M: Cyclophilin A
N: Voclosporin
O: Cyclophilin A
P: Voclosporin
Q: Cyclophilin A
R: Voclosporin
S: Cyclophilin A
T: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,69120
ポリマ－192,69120
非ポリマー00
水31,0941726
1
A: Cyclophilin A
B: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2692
ポリマ－19,2692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
2
C: Cyclophilin A
D: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2692
ポリマ－19,2692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7840 Å2
手法PISA
3
E: Cyclophilin A
F: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2692
ポリマ－19,2692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7970 Å2
手法PISA
4
G: Cyclophilin A
H: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2692
ポリマ－19,2692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7770 Å2
手法PISA
5
I: Cyclophilin A
J: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2692
ポリマ－19,2692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
6
K: Cyclophilin A
L: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2692
ポリマ－19,2692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
7
M: Cyclophilin A
N: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2692
ポリマ－19,2692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7800 Å2
手法PISA
8
O: Cyclophilin A
P: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2692
ポリマ－19,2692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7940 Å2
手法PISA
9
Q: Cyclophilin A
R: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2692
ポリマ－19,2692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7830 Å2
手法PISA
10
S: Cyclophilin A
T: Voclosporin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2692
ポリマ－19,2692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.423, 141.124, 149.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit of the crystal contains ten pharmacological units.

-
要素

#1: タンパク質
Cyclophilin A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 18036.504 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A8K220, UniProt: P62937*PLUS, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド
Voclosporin / Z-ISA247 / ISATX-247 / LUVENIQ


分子量: 1232.635 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: A MODIFIED CYCLOSPORIN A / 由来: (合成) Tolypocladium inflatum (菌類) / 参照: NOR: NOR00033
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細VOCLOSPORIN IS A CYCLOSPORIN ANALOG, A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, VOCLOSPORIN IS REPRESENTED BY ...VOCLOSPORIN IS A CYCLOSPORIN ANALOG, A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, VOCLOSPORIN IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES). RESIDUE 1 IS LINKED TO RESIDUE 11 VIA A PEPTIDE BOND. IT DIFFERS FROM CYCLOSPORIN A IN POSITION 5. AUTHOR STATES THAT THE Z-ISA247 (VOCLOSPORIN) ANTIBIOTIC IN THIS STRUCTURE IS NOT NATURAL PRODUCT, RATHER IT IS NEWLY DESIGNED COMPOUND. THE CLOSEST MATCH IN NORINE DATABASE IS CYCLOSPORIN A, WITH A DIFFERENCE AT RESIDUE 5 ALTERED FROM N-METHYL-4-BUTENYL-4-METHYL THREONINE (WITH PROTEIN DATA BANK LIGAND CODE BMT) TO 2,4,5-TRIDEOXY-2-(METHYLAMINO)-4-[(2Z)-PENTA-2,4-DIEN-1-YL]-L-XYLONIC ACID (LIGAND CODE YYA)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1M MES, 0.2M ammonium sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9799 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 123151 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2RMA

2rma


解像度: 2.31→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.426 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20718 6176 5 %RANDOM
Rwork0.16884 ---
obs0.17075 116889 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.388 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13520 0 0 1726 15246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02113800
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.051.97218490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.52251750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.26611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1030.21548
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1050.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3851.58690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.755213810
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.13735110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0284.54680
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.305→2.365 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.234 439
Rwork0.194 8308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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