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万見
- PDB-3od2: E. coli NikR soaked with excess nickel ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3od2
タイトルE. coli NikR soaked with excess nickel ions
要素Nickel-responsive regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / ribbon-helix-helix / ferredoxin-like fold / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription initiation / response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity ...negative regulation of DNA-templated transcription initiation / response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nickel-responsive transcriptional regulator NikR, proteobacteria / Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like ...Nickel-responsive transcriptional regulator NikR, proteobacteria / Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3CM / NICKEL (II) ION / Nickel-responsive regulator / Nickel-responsive regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Phillips, C.M. / Schreiter, E.R. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural basis of low-affinity nickel binding to the nickel-responsive transcription factor NikR from Escherichia coli.
著者: Phillips, C.M. / Schreiter, E.R. / Stultz, C.M. / Drennan, C.L.
履歴
登録2010年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel-responsive regulatory protein
B: Nickel-responsive regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,35014
ポリマ－30,2382
非ポリマー1,11212
水1,11762
1
A: Nickel-responsive regulatory protein
B: Nickel-responsive regulatory protein
ヘテロ分子

A: Nickel-responsive regulatory protein
B: Nickel-responsive regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,70028
ポリマ－60,4754
非ポリマー2,22424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area12870 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.735, 50.735, 183.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Nickel-responsive regulatory protein


分子量: 15118.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ECs4348 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SP37, UniProt: P0A6Z6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 糖 ChemComp-3CM / 3-CYCLOHEXYLPROPYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-3


タイプ: D-saccharide / 分子量: 466.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H38O11
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM MgCl2, 100 mM Hepes, 30% vol/vol PEG 400, 0.5 ml of 345 mM cyclohexyl-propyl-b-D-maltoside (CYMAL-3), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.4845 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4845 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 8681 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.3 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Num. unique all: 649 / Rsym value: 0.288

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HZA

2hza


解像度: 2.6→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2865 867 5.3 %
Rwork0.2363 13994 -
obs--91.5 %
溶媒の処理Bsol: 37.0022 Å2
原子変位パラメータBiso max: 199.98 Å2 / Biso mean: 76.3242 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.184 Å2-14.298 Å20 Å2
2---16.184 Å20 Å2
3---32.367 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2012 0 43 62 2117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.1641.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.8112
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.3452.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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