[日本語] English
万見
- PDB-3ocq: crystal structure of tRNA-specific Adenosine deaminase from Salmo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ocq
タイトルcrystal structure of tRNA-specific Adenosine deaminase from Salmonella enterica
要素Putative Cytosine/adenosine deaminase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Nucleoside deaminases / Zn binding
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
MafB19-like deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-specific adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kim, J. / Ramagopal, U.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of tRNA-specific Adenosine deaminase from Salmonella enterica
著者: Kim, J. / Ramagopal, U.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative Cytosine/adenosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3862
ポリマ－20,3201
非ポリマー651
水66737
1
A: Putative Cytosine/adenosine deaminase
ヘテロ分子

A: Putative Cytosine/adenosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7724
ポリマ－40,6412
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area2840 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.490, 75.490, 44.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質 Putative Cytosine/adenosine deaminase


分子量: 20320.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: SCH_2563, yfhC / プラスミド: LIC-PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q57LE3, adenosine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES ph 6.5, 12% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月27日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 9510 / Num. obs: 9067 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 41.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 731 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z3A

1z3a


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.811 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 435 4.8 %RANDOM
Rwork0.18606 ---
obs0.18862 8634 95.64 %-
all-9482 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.425 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å2-0.85 Å20 Å2
2---1.7 Å20 Å2
3---2.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1141 0 1 37 1179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.9351583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9165145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.0721.66754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.90915190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.8971513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1471.5721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91821153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3613446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3344.5430
LS精密化 シェル解像度: 2.052→2.105 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 21 -
Rwork0.22 557 -
obs-557 84.38 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.441 Å / Origin y: 25.628 Å / Origin z: 18.736 Å
111213212223313233
T0.06 Å20.0217 Å2-0.065 Å2-0.0388 Å2-0.021 Å2--0.1402 Å2
L1.7885 °2-0.8901 °20.2943 °2-0.9632 °2-0.2082 °2--0.4496 °2
S0.0231 Å °0.0364 Å °-0.0375 Å °-0.0484 Å °-0.1504 Å °0.1819 Å °-0.0756 Å °0.0363 Å °0.1273 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る