PDB-3oc8: Crystal Structure of the C-terminal Domain of the Vibrio cholerae...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oc8

タイトル

Crystal Structure of the C-terminal Domain of the Vibrio cholerae soluble colonization factor TcpF

要素

Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F

キーワード

CELL ADHESION / immunoglobulin-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Craig, L. / Kolappan, S. / Yuen, A.S.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Vibrio cholerae Colonization Factor TcpF and Identification of a Functional Immunogenic Site.
著者: Megli, C.J. / Yuen, A.S. / Kolappan, S. / Richardson, M.R. / Dharmasena, M.N. / Krebs, S.J. / Taylor, R.K. / Craig, L.

履歴

登録	2010年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oc8.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oc8.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oc8_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oc8_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	3oc8_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	3oc8_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3oc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3oc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oc5SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r8u-d 2d9p-d 3guv-d 2r1b-2 6ytc-d 1wh7-d 3sv1-3 4lpa-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F

ヘテロ分子

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F

ヘテロ分子

A: Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.220, 80.300, 56.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F / TCP pilus biosynthesis protein tcpF 分子量: 15509.472 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 206-338 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: tcpF, VC_0837 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6Q5
#2: 化合物	ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 10% v/v Dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	1.0722
			2

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2009年8月8日
	2

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SIDE SCATTERING BENT CUBE-ROOT I -BEAM SINGLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS.			x-ray	1

放射波長

波長: 1.0722 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 8452 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 22.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OC5

3oc5

解像度: 2.1→19.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 10.48 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	423	5 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.173	8029	-	-
all	-	8452	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1060	0	34	108	1202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.824	1.98	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.993	3	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.859	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.828	25.6	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.667	15	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	37.366	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.869	1.5	677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.244	1.5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.567	2	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.7	3	457
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.92	4.5	437
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	24	-
R_work	0.169	447	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.0308 Å / Origin y: 15.166 Å / Origin z: -11.8731 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0345 Å²	-0.0111 Å²	-0.0154 Å²	-	0.0271 Å²	0.0101 Å²	-	-	0.0207 Å²
L	1.8905 °²	-0.7674 °²	-0.2478 °²	-	0.83 °²	0.2676 °²	-	-	0.2985 °²
S	0.0563 Å °	0.063 Å °	-0.1308 Å °	-0.054 Å °	-0.0394 Å °	0.0865 Å °	0.0397 Å °	-0.0824 Å °	-0.0169 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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