[日本語] English
万見
- PDB-3obz: Crystal structure of human phytanoyl-COA dioxygenase phyhd1 2-oxo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3obz
タイトルCrystal structure of human phytanoyl-COA dioxygenase phyhd1 2-oxoglutarate and iron complex
要素Phytanoyl-CoA dioxygenase domain-containing protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Double stranded beta helix fold / oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


phytanoyl-CoA dioxygenase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Phytanoyl-CoA dioxygenase domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zhang, Z. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human PHYHD1, a Non-Heme Fe(II) and 2-Oxoglutarate Dependent Oxygenase Related to Phytanoyl-CoA Hydroxylase
著者: Zhang, Z. / Butler, D. / McDonough, M.A. / Kavanagh, K.L. / Bray, J.E. / Ng, S.S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Schofield, C.J. / Oppermann, U.
履歴
登録2010年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phytanoyl-CoA dioxygenase domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6483
ポリマ－32,4461
非ポリマー2022
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.366, 92.366, 81.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Phytanoyl-CoA dioxygenase domain-containing protein 1 / PHYHD1


分子量: 32445.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHYHD1 / プラスミド: PET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SRE7, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.36 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 7%(v/v) PEG 3350, 0.2M calcium acetate and 0.2M KCl Crystals were grown in anaerobic environment and soaked with FeSO4 and 2-oxoglutarate to form complex, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION SUPERNOVA / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: OXFORD TITAN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月25日 / 詳細: multilayer
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.2 % / Av σ(I) over netI: 10.6 / 数: 70361 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / D res high: 2.15 Å / D res low: 24.307 Å / Num. obs: 22253 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.828.5896.810.0220.0222.9
4.816.810010.0260.0263.2
3.934.8110010.0240.0243.2
3.43.9399.910.040.043.2
3.043.499.910.0630.0633.2
2.783.0410010.1090.1093.2
2.572.7810010.150.153.2
2.42.5799.910.2280.2283.2
2.272.499.710.3390.3393.1
2.152.2799.710.3710.3713.1
反射解像度: 2.15→24.307 Å / Num. all: 22253 / Num. obs: 22253 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.15-2.273.10.4480.3712986231810.2480.4480.3712.999.7
2.27-2.43.10.410.3392.2942330400.2270.410.3393.199.7
2.4-2.573.20.2740.2283.3915428830.1510.2740.2284.999.9
2.57-2.783.20.180.155848426500.0990.180.157.7100
2.78-3.043.20.1310.1096.8795724710.0720.1310.10910.8100
3.04-3.43.20.0750.06311.8727722600.0410.0750.06319.399.9
3.4-3.933.20.0480.0417.7634419750.0260.0480.0433.299.9
3.93-4.813.20.0290.02427.5546117060.0160.0290.02452100
4.81-6.83.20.0310.02625.1426113420.0170.0310.02651.7100
6.8-28.5832.90.0260.02228.621387450.0150.0260.02267.596.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.15 Å24.31 Å
Translation2.15 Å24.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrysalisProデータ収集
CrysalisProデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In-house SAD structure

解像度: 2.15→24.307 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7715 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2744 1081 4.8 %RANDOM
Rwork0.2328 ---
obs-22230 99.7 %-
溶媒の処理Bsol: 50.4047 Å2
原子変位パラメータBiso max: 84.51 Å2 / Biso mean: 36.0944 Å2 / Biso min: 13.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.258 Å2-0.809 Å20 Å2
2---2.258 Å20 Å2
3---4.516 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→24.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2278 0 11 189 2478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3264
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0916
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2038
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.22512
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.15-2.190.4362390.32799791018
2.19-2.220.2926530.29119931046
2.22-2.260.3621440.342610041048
2.26-2.310.3908410.33039941035
2.31-2.350.368490.29689831032
2.35-2.40.3329570.29210081065
2.4-2.460.3243570.27099901047
2.46-2.520.3954570.27629921049
2.52-2.590.3244550.29889771032
2.59-2.670.2932580.280510021060
2.67-2.750.3059560.27629991055
2.75-2.850.2843510.262110091060
2.85-2.960.2702420.26610071049
2.96-3.10.2822600.255410081068
3.1-3.260.2595510.229410131064
3.26-3.470.3139350.229810181053
3.47-3.730.2896550.217310161071
3.73-4.110.2271550.188710141069
4.11-4.70.1923550.161610281083
4.7-5.910.2524520.194110421094
5.91-250.236590.208210731132
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3akg.par
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る