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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3obi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a formyltetrahydrofolate deformylase (NP_949368) from RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS CGA009 at 1.95 A resolution | ||||||
要素 | Formyltetrahydrofolate deformylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formyltetrahydrofolate deformylase / formyltetrahydrofolate deformylase activity / hydroxymethyl-, formyl- and related transferase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / one-carbon metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a formyltetrahydrofolate deformylase (NP_949368) from RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS CGA009 at 1.95 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3obi.cif.gz | 486.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3obi.ent.gz | 406.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3obi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3obi_validation.pdf.gz | 476.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3obi_full_validation.pdf.gz | 487.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3obi_validation.xml.gz | 53.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3obi_validation.cif.gz | 78 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3obi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/3obi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33047.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: CGA009 / 遺伝子: purU, RPA4032 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q6N2L8, formyltetrahydrofolate deformylase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20.0% polyethylene glycol 8000, 0.3M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.90497,0.97939,0.97915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.95→29.673 Å / Num. all: 101081 / Num. obs: 101081 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.735 Å2 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 6.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.673 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 8.947 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.184 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. 1,2-ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED. 7. THERE IS SOME UNMODELED DENSITY NEAR RESIDUE 17 IN EACH CHAIN THAT CAN NOT BE ASSIGNED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.8 Å2 / Biso mean: 30.989 Å2 / Biso min: 7.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.673 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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