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- PDB-3ob9: Structure of the human MSL3 chromo-barrel domain at 2.5 Angstrom ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ob9
タイトルStructure of the human MSL3 chromo-barrel domain at 2.5 Angstrom resolution
要素Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
キーワードTranscription Regulator / chromodomain / chromo-barrel / chromo / methyllysine binding / histone tail / nucleosome recognition / Histone H4K20Me1 / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


MSL complex / histone H4K16ac reader activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone reader activity / HATs acetylate histones / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain ...: / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MSL complex subunit 3 / MSL complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Moore, S.A. / Ferhatoglu, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of the human MSL3 chromo-barrel domain at 2.5 Angstrom resolution
著者: Moore, S.A. / Ferhatoglu, Y.
履歴
登録2010年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
B: Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
C: Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
D: Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
E: Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,41425
ポリマ－56,1595
非ポリマー2,25520
水1,02757
1
A: Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8236
ポリマ－11,2321
非ポリマー5925
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7275
ポリマ－11,2321
非ポリマー4954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9048
ポリマ－11,2321
非ポリマー6727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5353
ポリマ－11,2321
非ポリマー3032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4243
ポリマ－11,2321
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)179.178, 36.696, 85.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila), isoform CRA_c / Protein MSL3


分子量: 11231.825 Da / 分子数: 5 / 断片: hmsl3 (UNP residues 2 to 93) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Bam HI/Eco RI MCS / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hCG_401190, MSL3, MSL3L1 / プラスミド: PGEX-6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A6NHW8, UniProt: Q8N5Y2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2.0 Ammonium Sulfate, 100 mM CHES pH 9.0, , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月22日 / 詳細: Si 111 monochromator and focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 19711 / Num. obs: 19514 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 56.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 16.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2F5K

2f5k


解像度: 2.5→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 21.713 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27726 997 5.1 %RANDOM
Rwork0.22564 ---
obs0.22823 18515 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.605 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.69 Å20 Å22.09 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3---1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3546 0 124 57 3727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0911.9625061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6025430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43922.381189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.28815624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9611542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3881.52178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76323475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20431565
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9694.51586
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 60 -
Rwork0.271 1219 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.25750.56130.4972.6084-0.42992.40050.0184-0.38480.07730.12620.03920.0542-0.0185-0.1605-0.05760.04360.006-0.01620.080.01820.036819.79741.00811.2151
25.9644-0.69061.7953.3046-0.1375.1985-0.0964-0.2763-0.00850.05960.19880.0489-0.0307-0.2245-0.10240.0448-0.00040.03790.0279-0.00350.048638.608311.83719.545
35.0315-1.5673-0.32153.95182.01365.1724-0.00490.2598-0.22250.0886-0.03760.04940.11910.07390.04250.0228-0.0093-0.01020.1554-0.05580.12614.5698-6.1199-13.2127
41.81340.22771.0232.37861.25944.37580.03610.14040.1489-0.1098-0.14730.1807-0.1229-0.23620.11120.11470.03520.00750.10450.00070.055225.4216-10.1604-20.5115
54.018-0.8751-3.14751.88720.33869.1091-0.07110.2345-0.13260.02070.08030.14990.1403-0.3537-0.00920.29690.0495-0.03730.1676-0.07690.144630.494110.579839.7606
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5E8 - 92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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