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- PDB-3oao: Crystal structure of a protein with unknown function from DUF2059... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oao
タイトルCrystal structure of a protein with unknown function from DUF2059 family (PA0856) from PSEUDOMONAS AERUGINOSA at 2.72 A resolution
要素uncharacterized protein from DUF2059 family
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Domain of unknown function DUF2059 / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2059) / リン酸塩 / DUF2059 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a protein with unknown function from DUF2059 family (PA0856) from PSEUDOMONAS AERUGINOSA at 2.72 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein from DUF2059 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8615
ポリマ－16,5401
非ポリマー3204
水0
1
A: uncharacterized protein from DUF2059 family
ヘテロ分子

A: uncharacterized protein from DUF2059 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,72210
ポリマ－33,0812
非ポリマー6418
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area7250 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.582, 72.582, 81.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein from DUF2059 family


分子量: 16540.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA0856 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9I585
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 37-182) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 37-182) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.17 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND SIGMA(I)>.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 65.0% MPD, 0.1M TRIS pH 8.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97939,0.91837,0.97895
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979391
20.918371
30.978951
反射解像度: 2.72→29.324 Å / Num. obs: 6928 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 100.287 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 19.96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.72-2.820.9431.33496122491.3
2.82-2.930.5482.23657125999.6
2.93-3.060.3753.13650125699.7
3.06-3.220.2185.13748129099.8
3.22-3.420.09111.23818131199.7
3.42-3.690.05218.63800130699.4
3.69-4.060.03128.53853132399.8
4.06-4.640.02437.33623125199.7
4.64-5.820.01943.43747130099.7
5.820.01848.73432123292.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.72→29.324 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9513 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9377 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. PHOSPHATE (PO4) FROM PROTEIN BUFFER ARE MODELED. 3. RAMACHANDRAN OUTLIER A74 IS LOCATED IN A REGION WITH POOR DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2422 324 4.69 %RANDOM
Rwork0.2087 ---
obs0.2101 6905 --
原子変位パラメータBiso max: 224.76 Å2 / Biso mean: 121.9284 Å2 / Biso min: 83.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.386 Å20 Å20 Å2
2--2.386 Å20 Å2
3----4.772 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→29.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1075 0 16 0 1091
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d392SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes30HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes153HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1103HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion144SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1247SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1103HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1490HARMONIC30.88
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.8
LS精密化 シェル解像度: 2.72→3.04 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2827 102 5.32 %
Rwork0.2303 1815 -
all0.233 1917 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 51.3497 Å / Origin y: 7.3023 Å / Origin z: 13.0126 Å
111213212223313233
T0.0547 Å2-0.0881 Å2-0.0837 Å2--0.3885 Å20.074 Å2---0.2381 Å2
L0.2682 °20.4937 °2-0.1898 °2-1.9021 °2-1.4431 °2--0.8711 °2
S-0.4632 Å °0.1435 Å °0.0626 Å °0.1242 Å °0.0763 Å °-0.2406 Å °-0.2742 Å °0.4889 Å °0.3869 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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