[日本語] English
万見
- PDB-3oa8: Diheme SoxAX -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oa8
タイトルDiheme SoxAX
要素
  • SoxA
  • SoxX
キーワードHeme-binding protein/Heme-binding protein / cytochrome / sulfur oxidation pathway / Heme-binding protein-Heme-binding protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cysteine S-thiosulfotransferase / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, cytochrome as acceptor / sulfur oxidation / sulfurtransferase activity / cytochrome complex / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding ...L-cysteine S-thiosulfotransferase / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, cytochrome as acceptor / sulfur oxidation / sulfurtransferase activity / cytochrome complex / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / protein heterodimerization activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sulfur oxidation c-type cytochrome SoxX, type II / L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA / Sulfur oxidation c-type cytochrome SoxX / SoxA/TsdA, cytochrome c domain / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily ...Sulfur oxidation c-type cytochrome SoxX, type II / L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA / Sulfur oxidation c-type cytochrome SoxX / SoxA/TsdA, cytochrome c domain / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA / SoxX / L-cysteine S-thiosulfotransferase subunit SoxA
類似検索 - 構成要素
生物種Starkeya novella (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Maher, M.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Diheme SoxAX proteins - insights into structure and function of the active site
著者: Kilmartin, J. / Maher, M.J. / Krusong, K. / Hanson, G.R. / Bernhardt, P.V. / Riley, M. / Kappler, U.
履歴
登録2010年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SoxA
B: SoxX
C: SoxA
D: SoxX
E: SoxA
F: SoxX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,12413
ポリマ－159,3176
非ポリマー3,8077
水15,006833
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23430 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area49420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.172, 74.629, 74.295
Angle α, β, γ (deg.)110.02, 108.08, 108.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 SoxA


分子量: 30755.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Starkeya novella (バクテリア) / 発現宿主: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7BQR6, UniProt: D7A6E5*PLUS
#2: タンパク質 SoxX


分子量: 22350.236 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Starkeya novella (バクテリア) / 発現宿主: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7BQR5
#3: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.01M spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.976
シンクロトロンESRF BM1421.739, 0.954
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 315r1CCD
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9761
21.7391
30.9541
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 1 / Num. obs: 111016 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.77→1.81 Å / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.77→35.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.951 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23044 5553 5 %RANDOM
Rwork0.18292 ---
obs0.18529 105300 92.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.955 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20.14 Å2-0.08 Å2
2--0.13 Å20.25 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→35.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9420 0 263 833 10516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4542.04913697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.36651254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.31823.882425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.616151635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7621576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.25088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.26888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8891.56307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37829925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53334285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9674.53746
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.771→1.817 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 357 -
Rwork0.215 6377 -
obs--76.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9138-0.25120.84590.5044-0.15851.04010.0958-0.1094-0.2232-0.03590.00830.07040.0399-0.1996-0.1041-0.05380.00880.0013-0.02170.0092-0.0615-42.812114.650416.7044
21.4108-0.23451.02640.7346-0.24880.75550.03490.0296-0.1304-0.03920.0036-0.01050.0577-0.0372-0.0386-0.02030.0231-0.0129-0.0104-0.0166-0.0531-34.929715.891814.8682
32.01910.77931.69120.96610.35361.85930.1286-0.245-0.17550.03020.0045-0.00140.246-0.0592-0.13310.022-0.0047-0.0059-0.05360.0434-0.0379-23.48549.188232.9542
42.1114-0.2028-0.10310.5977-0.19511.05310.04190.1905-0.05080.0138-0.0164-0.04350.06120.1552-0.0255-0.05640.020.0068-0.00630.01-0.0593-3.927614.030418.7621
51.48070.4711-0.25241.0363-0.15290.51050.0281-0.08890.0638-0.0370.0280.1612-0.011-0.0618-0.0561-0.03170.0111-0.021-0.0460.0373-0.0756-41.930212.298560.4467
60.77590.4396-0.1461.42850.23980.54870.0361-0.0159-0.0215-0.02960.0060.02010.0111-0.0226-0.0421-0.0156-0.0148-0.0166-0.01670.0421-0.0657-34.000410.220760.3148
71.31950.6396-0.24270.8072-0.39191.10430.1585-0.07490.29690.0793-0.0370.0492-0.1978-0.0067-0.12150.02210.00480.0174-0.0611-0.0155-0.0465-22.693629.315357.584
82.4368-0.01640.03921.1038-0.10480.6653-0.0056-0.1638-0.19550.1209-0.0259-0.1295-0.03180.0670.0315-0.04320.0002-0.0185-0.04650.0378-0.0372-3.145814.464760.0649
92.3924-0.9398-0.95760.87880.68841.50860.15520.35990.0062-0.0417-0.23340.174-0.0388-0.32210.0782-0.03840.00220.0036-0.0413-0.0133-0.0419-40.729151.576640.983
101.8906-1.0542-0.78180.65780.73321.58640.05120.06140.1442-0.066-0.0420.1179-0.0095-0.0267-0.00920.00770.00580.0336-0.0743-0.0065-0.0166-32.882852.652743.215
112.4407-1.8738-0.28663.2138-0.05910.71980.12040.2956-0.0337-0.2812-0.134-0.0309-0.0878-0.02220.01360.06020.0079-0.0059-0.04460.0057-0.1157-21.659841.554327.5973
122.9340.3552-0.13491.26430.41481.4091-0.0032-0.04730.2095-0.11860.1087-0.2277-0.07990.1618-0.1054-0.0568-0.02290.022-0.0538-0.0263-0.0296-2.01849.861739.4973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2A212 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3B31 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4B82 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5C47 - 211
6X-RAY DIFFRACTION6C212 - 274
7X-RAY DIFFRACTION7D31 - 81
8X-RAY DIFFRACTION8D82 - 208
9X-RAY DIFFRACTION9E47 - 211
10X-RAY DIFFRACTION10E212 - 274
11X-RAY DIFFRACTION11F31 - 81
12X-RAY DIFFRACTION12F82 - 208

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る