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- PDB-3oa5: The structure of chi1, a chitinase from Yersinia entomophaga -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oa5
タイトルThe structure of chi1, a chitinase from Yersinia entomophaga
要素Chi1
キーワードHYDROLASE / Tim Barrel / Chitinase
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #10 / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases ...Chitinase A; domain 3 - #10 / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yersinia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Busby, J.N. / Lott, J.S. / Hurst, M.R.H.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Structural analysis of Chi1 Chitinase from Yen-Tc: the multisubunit insecticidal ABC toxin complex of Yersinia entomophaga.
著者: Jason N Busby / Michael J Landsberg / Robert M Simpson / Sandra A Jones / Ben Hankamer / Mark R H Hurst / J Shaun Lott /
要旨: Yersinia entomophaga MH96 is a native New Zealand soil bacterium that secretes a large ABC-type protein toxin complex, Yen-Tc, similar to those produced by nematode-associated bacteria such as ...Yersinia entomophaga MH96 is a native New Zealand soil bacterium that secretes a large ABC-type protein toxin complex, Yen-Tc, similar to those produced by nematode-associated bacteria such as Photorhabdus luminescens. Y. entomophaga displays an exceptionally virulent pathogenic phenotype in sensitive insect species, causing death within 72 h of infection. Because of this phenotype, there is intrinsic interest in the mechanism of action of Yen-Tc, and it also has the potential to function as a novel class of biopesticide. We have identified genes that encode chitinases as part of the toxin complex loci in Y. entomophaga MH96, P. luminescens, Photorhabdus asymbiotica and Xenorhabdus nematophila. Furthermore, we have shown that the secreted toxin complex from Y. entomophaga MH96 includes two chitinases as an integral part of the complex, a feature not described previously in other ABC toxins and possibly related to the severe disease caused by this bacterium. We present here the structure of the Y. entomophaga MH96 Chi1 chitinase, determined by X-ray crystallography to 1.74 Å resolution, and show that a ring of five symmetrically arranged lobes on the surface of the Yen-Tc toxin complex structure, as determined by single-particle electron microscopy, provides a good fit to the Chi1 monomer. We also confirm that the isolated chitinases display endochitinase activity, as does the complete toxin complex.
履歴
登録2010年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chi1
B: Chi1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,7349
ポリマ－128,4442
非ポリマー1,2897
水15,043835
1
A: Chi1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9135
ポリマ－64,2221
非ポリマー6914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chi1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8214
ポリマ－64,2221
非ポリマー5993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.012, 67.172, 81.679
Angle α, β, γ (deg.)102.85, 108.06, 92.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Chi1


分子量: 64222.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia (バクテリア) / 株: MH-1 / 遺伝子: chi1 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6A876, chitinase
#2: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7% PEG 1000, 6% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→75.27 Å / Num. all: 110418 / Num. obs: 110418 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.74→1.84 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 15967 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ITX

1itx


解像度: 1.74→75.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.407 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20989 5541 5 %RANDOM
Rwork0.16452 ---
all0.16678 104841 --
obs0.16678 104841 96.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.089 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.4 Å21.23 Å2
2---0.71 Å2-0.42 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→75.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7991 0 60 835 8886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0228371
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.95411376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69551071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24624.7400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.259151350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4031541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4731.55167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22628321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.40233204
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.864.53033
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.743→1.788 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 393 -
Rwork0.272 7684 -
obs--95.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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