- PDB-3oa4: CRYSTAL STRUCTURE OF hypothetical protein BH1468 from Bacillus ha... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3oa4
タイトル
CRYSTAL STRUCTURE OF hypothetical protein BH1468 from Bacillus halodurans C-125
要素
glyoxalase
キーワード
LYASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / glyoxalase family / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 14255 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 0.803 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
% possible all
1.94-1.97
13.3
0.896
696
0.454
100
1.97-2.01
14.3
0.795
676
0.417
100
2.01-2.05
14.7
0.664
728
0.4
100
2.05-2.09
15.3
0.553
681
0.465
100
2.09-2.14
15.4
0.494
693
0.437
100
2.14-2.18
15.7
0.415
690
0.472
100
2.18-2.24
15.8
0.35
704
0.474
100
2.24-2.3
15.9
0.319
694
0.525
100
2.3-2.37
15.8
0.292
707
0.509
100
2.37-2.44
15.9
0.246
694
0.553
100
2.44-2.53
15.7
0.216
725
0.553
100
2.53-2.63
15.8
0.17
698
0.65
100
2.63-2.75
15.7
0.153
705
0.75
100
2.75-2.9
15.7
0.128
706
0.856
100
2.9-3.08
15.6
0.108
712
0.988
100
3.08-3.32
15.5
0.092
724
1.231
100
3.32-3.65
15.1
0.089
724
1.599
100
3.65-4.18
14.8
0.077
737
1.694
100
4.18-5.26
14.2
0.063
749
1.506
99.6
5.26-50
13.4
0.06
812
1.455
98.7
-
位相決定
位相決定
手法: 分子置換
Phasing MR
Rfactor: 59.38 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度
最低解像度
Rotation
2.5 Å
36.9 Å
Translation
2.5 Å
36.9 Å
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
SCALEPACK
データスケーリング
PHASER
2.1.4
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.1
データ抽出
CBASS
データ収集
HKL-2000
データ削減
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→19.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2293 / WRfactor Rwork: 0.1969 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8488 / SU B: 6.967 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.1396 / SU Rfree: 0.1355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2342
703
5 %
RANDOM
Rwork
0.1958
-
-
-
obs
0.1976
14122
99.32 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK