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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oa3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative deoxyribose-phosphate aldolase from Coccidioides immitis | ||||||
要素 | aldolase | ||||||
キーワード | LYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / putative uncharacterized protein / aldolase / Coccidioides / pathogenic fungus / coccidioidomycosis / Valley Fever / meningitis / agriculture | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxyribose phosphate catabolic process / deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Coccidioides immitis (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of an unknown aldolase from Coccidioides immitis 著者: Edwards, T.E. / Gardberg, A.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3oa3.cif.gz | 208.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3oa3.ent.gz | 167.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3oa3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oa3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oa3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3ngjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31187.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coccidioides immitis (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E0CX06*PLUS, deoxyribose-phosphate aldolase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 4.93 mg/mL CoimA.00559.a.A1 PS00460 against Hampton Index Screen condition G9, 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350 enheanced with 20% glycerol as cryo-protectant, crystal ...詳細: 4.93 mg/mL CoimA.00559.a.A1 PS00460 against Hampton Index Screen condition G9, 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350 enheanced with 20% glycerol as cryo-protectant, crystal tracking ID 216774g9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97946 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月31日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 69876 / Num. obs: 68464 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 23.315 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 19.41 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 52.64 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3NGJ molecule A 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.1915 / WRfactor Rwork: 0.1621 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / FOM work R set: 0.9013 / SU B: 2.844 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.0817 / SU Rfree: 0.0831 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.66 Å2 / Biso mean: 21.0965 Å2 / Biso min: 9.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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