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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oa2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the WlbA (WbpB) dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa in complex with NAD at 1.5 angstrom resolution | ||||||
要素 | WbpB | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / sugar biosynthesis / dehydrogenase (脱水素酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetyl-2-amino-2-deoxyglucuronate dehydrogenase / UDP-glucuronate biosynthetic process / O antigen biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / NADH binding / lipopolysaccharide biosynthetic process / NADH dehydrogenase activity / cell wall organization / protein tetramerization 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Holden, H.M. / Thoden, J.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Structural and Functional Studies of WlbA: A Dehydrogenase Involved in the Biosynthesis of 2,3-Diacetamido-2,3-dideoxy-d-mannuronic Acid . 著者: Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3oa2.cif.gz | 277.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3oa2.ent.gz | 223.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3oa2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oa2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oa2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35990.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: wbpB / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: P72133, UniProt: G3XD23*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 6.5 詳細: 16-22% PEG5000, 2% 1,2-ethanediol, 100 mM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 206888 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 33.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 87.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3O9Z 解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.568 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / Total num. of bins used: 20
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