[日本語] English
万見
- PDB-3o9x: Structure of the E. coli antitoxin MqsA (YgiT/b3021) in complex w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o9x
タイトルStructure of the E. coli antitoxin MqsA (YgiT/b3021) in complex with its gene promoter
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygiT
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / HTH-XRE DNA binding motif / Transcriptional Regulator / bacterial antitoxin / ZN binding protein / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #860 / Antitoxin MqsA / Zinc finger, MqsA-type / Antitoxin MqsA/HigA-2 / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...Ubiquitin-like (UB roll) - #860 / Antitoxin MqsA / Zinc finger, MqsA-type / Antitoxin MqsA/HigA-2 / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin MqsA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.0999 Å
データ登録者Brown, B.L. / Peti, W. / Page, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of the Escherichia coli Antitoxin MqsA (YgiT/b3021) Bound to Its Gene Promoter Reveals Extensive Domain Rearrangements and the Specificity of Transcriptional Regulation.
著者: Brown, B.L. / Wood, T.K. / Peti, W. / Page, R.
履歴
登録2010年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygiT
B: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygiT
F: DNA (26-MER)
E: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1308
ポリマ－45,8154
非ポリマー3154
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.996, 60.996, 148.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 2:131 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 2:131 )

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygiT


分子量: 14923.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3021, JW2989, ygiT / プラスミド: RP1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q46864

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 FE

#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7966.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: mqsRA promoter palindrome DNA strand
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8002.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: mqsRA promoter palindrome reverse complement DNA strand

-
非ポリマー , 3種, 289分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.2 M ammonium chloride, 20% PEG3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月4日
放射モノクロメーター: silicon(111) crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.372
反射解像度: 2.0999→47.146 Å / Num. all: 31592 / Num. obs: 31421 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 29.13
反射 シェル解像度: 2.0999→2.14 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique all: 1532 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3FMY and 3GA8

3fmy

3ga8


解像度: 2.0999→47.146 Å / σ(F): 0 / 位相誤差: 40.17 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2276 2955 9.42 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.1813 31367 --
obs0.1813 31367 99.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.122 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7112 Å2-0 Å20 Å2
2---0.7112 Å2-0 Å2
3---1.4224 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0999→47.146 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2037 1060 14 285 3396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1634651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.5811293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004416
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A986X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B986X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0999-2.13610.37781350.28721256X-RAY DIFFRACTION82
2.1361-2.1750.32151470.27581411X-RAY DIFFRACTION88
2.175-2.21680.38851460.27431400X-RAY DIFFRACTION90
2.2168-2.2620.28861480.25661456X-RAY DIFFRACTION91
2.262-2.31120.30741430.23651399X-RAY DIFFRACTION91
2.3112-2.36490.27941470.21121436X-RAY DIFFRACTION91
2.3649-2.4240.28611500.19491428X-RAY DIFFRACTION90
2.424-2.48950.26721450.19731422X-RAY DIFFRACTION91
2.4895-2.56270.25261420.19771442X-RAY DIFFRACTION91
2.5627-2.64540.25731500.19821429X-RAY DIFFRACTION91
2.6454-2.73990.23141480.19851418X-RAY DIFFRACTION91
2.7399-2.84950.23951460.19231421X-RAY DIFFRACTION91
2.8495-2.9790.29281510.18461442X-RAY DIFFRACTION91
2.979-3.13590.21811400.19261423X-RAY DIFFRACTION91
3.1359-3.33210.20921510.16971441X-RAY DIFFRACTION91
3.3321-3.58890.19941490.16921454X-RAY DIFFRACTION91
3.5889-3.94920.19421450.15011409X-RAY DIFFRACTION91
3.9492-4.51860.1771550.12491430X-RAY DIFFRACTION90
4.5186-5.68520.18951470.13061449X-RAY DIFFRACTION91
5.6852-28.15180.19591570.151447X-RAY DIFFRACTION90

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る