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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o92 | ||||||
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タイトル | High resolution crystal structures of Streptococcus pneumoniae nicotinamidase with trapped intermediates provide insights into catalytic mechanism and inhibition by aldehydes | ||||||
要素 | nicotinamidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Nicotinamidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | French, J.B. / Cen, Y. / Sauve, A.A. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: High-resolution crystal structures of Streptococcus pneumoniae nicotinamidase with trapped intermediates provide insights into the catalytic mechanism and inhibition by aldehydes . 著者: French, J.B. / Cen, Y. / Sauve, A.A. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o92.cif.gz | 167.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o92.ent.gz | 137.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o92.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3o92_validation.pdf.gz | 469.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3o92_full_validation.pdf.gz | 475.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3o92_validation.xml.gz | 35.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3o92_validation.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o92 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23762.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: SP_1583 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97PM2, UniProt: A0A0H2UR34*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 18-22% PEG 3350, 0.2-0.3M NaCl, 0.2M Sodium Malonate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 67200 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.353 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.078 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.327 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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