- PDB-3o90: High resolution crystal structures of Streptococcus pneumoniae ni... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3o90
タイトル
High resolution crystal structures of Streptococcus pneumoniae nicotinamidase with trapped intermediates provide insights into catalytic mechanism and inhibition by aldehydes
要素
nicotinamidaseニコチンアミダーゼ
キーワード
HYDROLASE (加水分解酵素) / Nicotinamidase (ニコチンアミダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報
hydrolase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 54000 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 73.7
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
ADSC
Quantum
データ収集
MOLREP
位相決定
REFMAC
5.5.0109
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→41.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 3.906 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.26077
2719
5 %
RANDOM
Rwork
0.21812
-
-
-
obs
0.22025
51165
87.03 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK