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万見
- PDB-3o6x: Crystal Structure of the type III Glutamine Synthetase from Bacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o6x
タイトルCrystal Structure of the type III Glutamine Synthetase from Bacteroides fragilis
要素Glutamine synthetase
キーワードLIGASE / glutamine synthetase / type III / beta barrel / dodecamer
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1560 / Glutamine synthetase type III N-terminal / Glutamine synthetase, C-terminal / : / Glutamine synthetase type III N terminal / Glutamine synthetase C-terminal domain / Glutamine synthetase (GS) beta-grasp domain profile. / Glutamine synthetase, glycine-rich site / Glutamine synthetase putative ATP-binding region signature. / Glutamine synthetase (GS) catalytic domain profile. ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1560 / Glutamine synthetase type III N-terminal / Glutamine synthetase, C-terminal / : / Glutamine synthetase type III N terminal / Glutamine synthetase C-terminal domain / Glutamine synthetase (GS) beta-grasp domain profile. / Glutamine synthetase, glycine-rich site / Glutamine synthetase putative ATP-binding region signature. / Glutamine synthetase (GS) catalytic domain profile. / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, N-terminal domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / L-METHIONINE-S-SULFOXIMINE PHOSPHATE / Glutamine synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者van Rooyen, J.M. / Belrhali, H. / Abratt, V.R. / Sewell, B.T.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Type III Glutamine Synthetase: Surprising Reversal of the Inter-Ring Interface.
著者: van Rooyen, J.M. / Abratt, V.R. / Belrhali, H. / Sewell, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Proteolysis of the type III glutamine synthetase from Bacteroides fragilis causes expedient crystal-packing rearrangements.
著者: van Rooyen, J. / Belrhali, H. / Abratt, V. / Sewell, B.T.
履歴
登録2010年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamine synthetase
B: Glutamine synthetase
C: Glutamine synthetase
D: Glutamine synthetase
E: Glutamine synthetase
F: Glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)502,46742
ポリマ－497,6266
非ポリマー4,84236
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37960 Å2
ΔGint-400 kcal/mol
Surface area143770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.250, 203.960, 234.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Glutamine synthetase


分子量: 82937.617 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: untagged protein purification
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: BF-1 / 遺伝子: BF0955, glnA, GlnN / プラスミド: pECO-R251 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): YMC-11 / 参照: UniProt: Q5LGP1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-P3S / L-METHIONINE-S-SULFOXIMINE PHOSPHATE


分子量: 260.205 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13N2O6PS
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: modified microbatch / pH: 4.6
詳細: 50 mM ammonium sulphate, 25 mM sodium acetate trihydrate pH 4.6, and 6.25% PEG 4000, modified microbatch, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1410.954
シンクロトロンESRF ID14-220.933
検出器タイプ: MAATEL MDII / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月21日 / 詳細: mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9541
20.9331
Reflection冗長度: 7.7 % / Av σ(I) over netI: 5.3 / 数: 313622 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.14 / D res high: 4 Å / D res low: 93.659 Å / Num. obs: 40521 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
12.65142.8699.710.0280.0287.2
8.9412.6510010.0460.0467.6
7.38.9410010.0890.0897.7
6.327.310010.1530.1537.7
5.666.3210010.2090.2097.7
5.165.6610010.1870.1877.8
4.785.1610010.1680.1687.8
4.474.7810010.1610.1617.8
4.224.4710010.1750.1757.8
44.2210010.2210.2217.8
反射解像度: 3.5→62.869 Å / Num. all: 60104 / Num. obs: 60104 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Rsym value: 0.208 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.5-3.697.90.4721.66841986870.472100
3.69-3.917.90.3652.16492782140.365100
3.91-4.187.90.2672.96142577750.267100
4.18-4.527.90.23.85695372170.2100
4.52-4.957.90.1864.15232966420.186100
4.95-5.537.90.2163.64755460510.216100
5.53-6.397.80.2632.94196553620.263100
6.39-7.837.80.1674.43543645570.167100
7.83-11.077.70.05142730635610.05100
11.07-62.8697.30.03418.11487820380.03499.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.5→62.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8415 / Data cutoff high absF: 6165930 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 3016 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs-60072 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.1893 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 189.53 Å2 / Biso mean: 37.7425 Å2 / Biso min: 1.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.19 Å20 Å20 Å2
2--5.7 Å20 Å2
3---0.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→62.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30720 0 276 0 30996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.720.3125165.20.27493950.0149911100
3.72-4.010.26965240.234393779901
4.01-4.410.22694860.195494729958
4.41-5.050.23925030.202594809983
5.05-6.360.29464920.2494954810040
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramADP.top
X-RAY DIFFRACTION3ADP.parMETSOX.top
X-RAY DIFFRACTION4METSOX.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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