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- PDB-3o6u: Crystal Structure of CPE2226 protein from Clostridium perfringens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o6u
タイトルCrystal Structure of CPE2226 protein from Clostridium perfringens. Northeast Structural Genomics Consortium Target CpR195
要素uncharacterized protein CPE2226
キーワードstructural genomics / unknown function / Protein Structure Initiative / NESG / CpR195 / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / Unknown / Putative FMN-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Major membrane immunogen, tpp15, predicted / Sufe protein. Chain: A - #20 / Sufe protein. Chain: A / FMN-binding / FMN-binding domain / FMN_bind / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FMN-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of CPE2226 protein from Clostridium perfringens.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein CPE2226
B: uncharacterized protein CPE2226
C: uncharacterized protein CPE2226
D: uncharacterized protein CPE2226
E: uncharacterized protein CPE2226


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0725
ポリマ－72,0725
非ポリマー00
水64936
1
A: uncharacterized protein CPE2226


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4141
ポリマ－14,4141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: uncharacterized protein CPE2226


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4141
ポリマ－14,4141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: uncharacterized protein CPE2226


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4141
ポリマ－14,4141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: uncharacterized protein CPE2226


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4141
ポリマ－14,4141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: uncharacterized protein CPE2226


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4141
ポリマ－14,4141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.435, 121.643, 95.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細monomer,15.4 kD,92.7%

-
要素

#1: タンパク質
uncharacterized protein CPE2226


分子量: 14414.472 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: CPE2226 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q8XI95
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 7.5
詳細: 3% PEG 3350, 3.46M potassium phosphate, 0.1M HEPES, pH 7.5, Microbatch under Paraffin oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 44525 / Num. obs: 44436 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 42.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4471 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→41.675 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Molecule E is highly disordered in crystal structure and was built using MR and molecule A as a search model. We speculate this results a higher Rfree factor.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 2292 5.17 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.208 44368 99.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.588 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 227.6 Å2 / Biso mean: 55.627 Å2 / Biso min: 9.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.905 Å2-0 Å20 Å2
2---8.578 Å20 Å2
3---12.482 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4666 0 0 36 4702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094716
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3576320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.321798
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.5540.3081530.2482522267597
2.554-2.6140.3061370.24226702807100
2.614-2.6790.3791330.24826282761100
2.679-2.7520.311600.24626312791100
2.752-2.8320.3361300.23126232753100
2.832-2.9240.2641740.22726262800100
2.924-3.0280.3521450.24126342779100
3.028-3.150.3321410.23926482789100
3.15-3.2930.3061500.22626512801100
3.293-3.4660.251490.18926332782100
3.466-3.6840.2531410.17926392780100
3.684-3.9680.2221360.16826702806100
3.968-4.3670.2311360.1626512787100
4.367-4.9970.2081420.14526072749100
4.997-6.2930.2681350.19126622797100
6.293-41.6810.2731300.2042581271197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0444-0.42370.55671.8078-0.28170.8165-0.02070.0265-0.0637-0.1455-0.07570.008-0.02240.062200.1465-0.00910.00020.1298-0.01940.060355.536942.573653.7229
22.0045-0.8250.4191.8264-0.25951.03710.10010.1245-0.12350.02160.0920.0690.21380.055500.23190.0375-0.0460.1741-0.00660.156271.060515.978180.4878
31.4413-0.39440.0270.60530.75281.4407-0.08040.0535-0.3358-0.004-0.0697-0.077-0.0521-0.045200.311-0.01180.11760.32760.03880.492779.287121.819350.2232
40.9869-0.64040.49791.5076-1.09261.5412-0.0211-0.0097-0.0131-0.0479-0.01320.11360.1536-0.069800.2230.04110.08110.21660.05810.249773.131857.443429.4121
51.23410.148-0.45221.69240.91541.76440.0109-0.4513-0.2510.29230.0067-0.17480.15580.2239-00.4134-0.0380.02060.65080.01980.4811101.471333.664464.1277
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA28 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB28 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC28 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD28 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE28 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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