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- PDB-3o6t: Mycobacterium tuberculosis thioredoxin C C40S mutant in Complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o6t
タイトルMycobacterium tuberculosis thioredoxin C C40S mutant in Complex with Quinol Inhibitor PMX464
要素Thioredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT/INHIBITOR / Thioredoxin Fold / Electron Transport / ELECTRON TRANSPORT-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cysteine synthesis from O-acetylserine / Cell redox homeostasis / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / glutathione disulfide oxidoreductase activity / disulfide oxidoreductase activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / peptidoglycan-based cell wall / electron transfer activity / extracellular region ...Cysteine synthesis from O-acetylserine / Cell redox homeostasis / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / glutathione disulfide oxidoreductase activity / disulfide oxidoreductase activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / peptidoglycan-based cell wall / electron transfer activity / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-PX5 / Thioredoxin / Thioredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hall, G. / Emsley, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis thioredoxin in complex with quinol inhibitor PMX464
著者: Hall, G. / Bradshaw, T.D. / Laughton, C.A. / Stevens, M.F. / Emsley, J.
履歴
登録2010年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
B: Thioredoxin
C: Thioredoxin
D: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5298
ポリマ－50,7424
非ポリマー7874
水2,684149
1
A: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0793
ポリマ－12,6851
非ポリマー3932
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6851
ポリマ－12,6851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0793
ポリマ－12,6851
非ポリマー3932
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6851
ポリマ－12,6851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.221, 75.095, 65.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Thioredoxin / thioredoxin C / Trx / MPT46


分子量: 12685.497 Da / 分子数: 4 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: TrxC / プラスミド: pGAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: P0A616, UniProt: P9WG67*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PX5 / 4-(1,3-benzothiazol-2-yl)-4-hydroxycyclohexa-2,5-dien-1-one / 4-(benzothiazol-2-yl)-4-hydroxycyclohexa-2,5-dienone


分子量: 243.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9NO2S
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE LIGAND PX5 COVALENTLY BINDS TO CYS37 OF THIOREDOXIN THROUGH A MICHAEL ADDITION ONTO THE BETA- ...THE LIGAND PX5 COVALENTLY BINDS TO CYS37 OF THIOREDOXIN THROUGH A MICHAEL ADDITION ONTO THE BETA-CARBON POSITION OF THE QUINOL RING. THIS BINDING LEADS TO THE LOSS OF PLANARITY IN THE QUINOL RING AND PRODUCES A STRUCTURE WITH A 1,3-CYCLOHEXADIENENE MOIETY, ALTHOUGH THIS COULD BE IN EQUILIBRIUM WITH A CYCLOHEXENONE MOIETY. THIS COMPLEX IS REFERRED AS PMX464 IN THEIR ARTICLE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Na MES, pH 6.5, 4% PEG 400, 1.6M Ammonium Sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→52.72 Å / Num. all: 22477 / Num. obs: 22477 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3304 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NOF

3nof


解像度: 2.4→40.286 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2595 1001 5.14 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
all0.236 19458 --
obs0.2019 19462 97.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.771 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3738 Å20 Å23.2596 Å2
2---4.6649 Å20 Å2
3---8.0388 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3288 0 54 149 3491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1924633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7991265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.52650.3051450.23622670X-RAY DIFFRACTION99
2.5265-2.68480.33191370.23522660X-RAY DIFFRACTION98
2.6848-2.8920.32781490.2282653X-RAY DIFFRACTION98
2.892-3.18290.32151310.22022632X-RAY DIFFRACTION98
3.1829-3.64330.25741400.19552638X-RAY DIFFRACTION98
3.6433-4.58910.19561520.16172607X-RAY DIFFRACTION96
4.5891-40.29150.22791470.18732601X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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