PDB-3o66: Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o66

タイトル

Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter

要素

Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Chang, C. / Bigelow, L. / Carroll, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
著者: Chang, C. / Bigelow, L. / Carroll, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o66.cif.gz	248 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o66.ent.gz	202.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o66_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o66_full_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示
XML形式データ	3o66_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	3o66_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4aa6-2 3ppn-1 5adw-2 4nd9-d 3vpj-4 1qn3-1 4m7o-d 2qgv-11 1twy-2 4pup-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC63835.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter

B: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter

ヘテロ分子

64.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.192, 114.039, 55.887
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter 分子量: 31850.971 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 28-306 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: opuCC, SAV2446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q99RI5, UniProt: A0A0H3K0Z1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, 25% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月9日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 52379 / Num. obs: 52272 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 30.3
反射シェル	解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.587 / Num. unique all: 2523 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.86→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.605 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.132
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2211	2655	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1759	-	-	-
all	0.1782	52217	-	-
obs	0.1782	52217	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 81 Å² / B_iso mean: 31.9997 Å² / B_iso min: 15.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	-0.82 Å²
2-	-	-1.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4287	0	28	436	4751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.324	1.965	6124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.659	5	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.323	25.147	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.792	15	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.939	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	665
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.019	1.5	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.644	2	4489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.848	3	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.345	4.5	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.443	3	4544

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	165	-
R_work	0.213	3333	-
all	-	3498	-
obs	-	3498	89.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5875	0.3039	0.0673	1.155	0.105	1.4818	0.0509	0.1001	0.1091	0.0599	-0.0464	-0.1424	-0.0376	0.0967	-0.0044	0.0158	-0.0019	0.0092	0.0305	0.0118	0.0514	34.4711	27.4642	36.2287
2	3.8744	-0.2815	0.514	1.531	-0.086	2.2295	0.0204	0.1538	0.089	-0.2184	-0.0317	0.082	0.0332	0.0892	0.0113	0.0334	0.0017	-0.0156	0.0152	0.0002	0.0319	9.6964	25.0697	23.257
3	1.6166	0.1248	0.3398	1.2153	-0.3143	1.517	0.0739	-0.0967	-0.0126	0.125	-0.0485	-0.0601	0.0255	-0.0024	-0.0254	0.0292	-0.0012	-0.001	0.0199	0.0024	0.0095	29.0228	20.0276	43.8224
4	1.3541	0.0627	0.1824	1.2099	0.4884	1.54	-0.0204	0.0899	-0.1415	-0.1807	-0.0245	-0.0668	0.0485	0.1034	0.0449	0.0808	0.0187	0.016	0.0159	-0.0045	0.0449	32.3545	-4.8019	33.2885
5	1.9032	-0.0462	-0.4022	2.124	-0.4523	4.1609	-0.0155	-0.0205	0.0481	0.1852	-0.0535	-0.1986	-0.0417	0.127	0.069	0.0692	0.0086	-0.0236	0.0131	-0.0026	0.0292	34.5362	-2.4004	61.1264
6	1.3703	-0.2325	0.1031	1.1038	0.1337	1.6571	-0.0167	0.0191	-0.0714	-0.122	-0.0557	0.0641	0.0002	-0.1175	0.0724	0.0468	0.0092	-0.0234	0.0116	-0.0096	0.0263	23.3328	2.4521	35.3357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	138 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	243 - 306
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	34 - 137
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	138 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	243 - 306

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関連情報:EMDBヘッダ

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