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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o5g | ||||||
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タイトル | Fk1 domain of FKBP51, crystal form I | ||||||
![]() | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 | ||||||
![]() | ISOMERASE / Fk-506 binding domain / Hsp90 cochaperone / immunophiline / peptidyl-prolyl isomerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / response to bacterium / response to cocaine / protein folding / protein-macromolecule adaptor activity / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bracher, A. / Kozany, C. / Thost, A.-K. / Hausch, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of the PPIase domain of FKBP51, a cochaperone of human Hsp90. 著者: Bracher, A. / Kozany, C. / Thost, A.K. / Hausch, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3o5dC ![]() 3o5eC ![]() 3o5fC ![]() 3o5iC ![]() 3o5jC ![]() 3o5kC ![]() 3o5lC ![]() 3o5mC ![]() 3o5oC ![]() 3o5pSC ![]() 3o5qC ![]() 3o5rC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13996.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 35% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.886 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→40.697 Å / Num. all: 8222 / Num. obs: 8222 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 30.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 17.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3O5P 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.1965 / WRfactor Rwork: 0.1675 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.9135 / SU B: 9.042 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.0372 / SU Rfree: 0.0375 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.51 Å2 / Biso mean: 34.3775 Å2 / Biso min: 18.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 7.7999 Å / Origin y: -16.1424 Å / Origin z: 3.2321 Å
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