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万見
- PDB-3o4x: Crystal structure of complex between amino and carboxy terminal f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o4x
タイトルCrystal structure of complex between amino and carboxy terminal fragments of mDia1
要素(Protein diaphanous homolog 1) x 2
キーワードPROTEIN BINDING / autoinhibition / actin nucleator / actin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron projection regeneration / multicellular organismal locomotion / RHOF GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / ERBB2 Regulates Cell Motility / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / actin nucleation / neuron projection retraction ...negative regulation of neuron projection regeneration / multicellular organismal locomotion / RHOF GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / ERBB2 Regulates Cell Motility / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / actin nucleation / neuron projection retraction / RHO GTPases Activate Formins / profilin binding / regulation of microtubule-based process / axon midline choice point recognition / brush border / synaptic vesicle endocytosis / ephrin receptor signaling pathway / cytoskeleton organization / actin filament polymerization / Neutrophil degranulation / actin filament / sensory perception of sound / protein localization / brain development / small GTPase binding / ruffle membrane / spindle / neuron projection development / presynapse / actin binding / gene expression / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / transmembrane transporter binding / positive regulation of cell migration / neuron projection / centrosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #630 / Formin, FH3 diaphanous domain / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Formin, FH2 domain / Formin Homology Region 1 / Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #630 / Formin, FH3 diaphanous domain / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Formin, FH2 domain / Formin Homology Region 1 / Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Recoverin; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular / Special / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein diaphanous homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Eck, M.J. / Nezami, A. / Toms, A.V.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of a complex between amino and carboxy terminal fragments of mDia1: insights into autoinhibition of diaphanous-related formins.
著者: Nezami, A. / Poy, F. / Toms, A. / Zheng, W. / Eck, M.J.
履歴
登録2010年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32011年10月5日Group: Database references
改定 1.42012年4月11日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein diaphanous homolog 1
B: Protein diaphanous homolog 1
C: Protein diaphanous homolog 1
D: Protein diaphanous homolog 1
E: Protein diaphanous homolog 1
H: Protein diaphanous homolog 1
G: Protein diaphanous homolog 1
F: Protein diaphanous homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,4658
ポリマ－367,4658
非ポリマー00
水86548
1
A: Protein diaphanous homolog 1
D: Protein diaphanous homolog 1
E: Protein diaphanous homolog 1
H: Protein diaphanous homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,7334
ポリマ－183,7334
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21460 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area78740 Å2
手法PISA
2
B: Protein diaphanous homolog 1
C: Protein diaphanous homolog 1
G: Protein diaphanous homolog 1
F: Protein diaphanous homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,7334
ポリマ－183,7334
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21580 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area77580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.762, 206.832, 131.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12E
22F
32G
42H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A134 - 190
2114B134 - 190
3114C134 - 190
4114D134 - 190
1214A205 - 427
2214B205 - 427
3214C205 - 427
4214D205 - 427
1314A429 - 444
2314B429 - 444
3314C429 - 444
4314D429 - 444
1124E829 - 955
2124F829 - 955
3124G829 - 955
4124H829 - 955
1224E956 - 971
2224F956 - 971
3224G956 - 971
4224H956 - 971
1324E1006 - 1129
2324F1006 - 1129
3324G1006 - 1129
4324H1006 - 1129
1424E753 - 784
2424F753 - 784
3424G753 - 784
4424H753 - 784
1524E1131 - 1168
2524F1131 - 1168
3524G1131 - 1168
4524H1131 - 1168
1624E785 - 806
2624F785 - 806
3624G785 - 806
4624H785 - 806

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Protein diaphanous homolog 1 / Diaphanous-related formin-1 / DRF1 / p140mDIA / mDIA1


分子量: 37993.582 Da / 分子数: 4
断片: mDia1 N-terminal regulatory domain (unp residues 131-458)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Diaph1, Diap1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O08808
#2: タンパク質
Protein diaphanous homolog 1 / Diaphanous-related formin-1 / DRF1 / p140mDIA / mDIA1


分子量: 53872.695 Da / 分子数: 4
断片: mDia1 C-terminal FH2-DAD domain (unp residues 736-1200)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Diaph1, Diap1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O08808
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化温度: 313 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Peg 4000, sodium malonate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 313K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→25 Å / Num. all: 76970 / Num. obs: 75584 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0.1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 13.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→20.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 68.667 / SU ML: 0.512 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.551 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2983 3981 5 %RANDOM
Rwork0.23265 ---
all0.23589 75584 --
obs0.23589 75584 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 107.401 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å2-2.87 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----2.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24287 0 0 48 24335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02224662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0591.98133125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.76652982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33525.141251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.921154906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.43115168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.23687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02118360
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: MEDIUM POSITIONAL / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A23800.32
12B23800.33
13C23800.33
14D23800.4
21E29620.43
22F29620.43
23G29620.41
24H29620.38
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 256 -
Rwork0.362 4922 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38-0.3670.87031.2786-1.59672.5432-0.14090.05210.0271-0.00130.1222-0.0526-0.07850.07780.01870.17710.0253-0.03980.1552-0.03960.18418.395-29.19616.813
20.3233-0.41250.20470.6734-0.30330.20340.06650.1230.0207-0.11550.07190.0380.11950.0001-0.13840.1334-0.0598-0.0150.25430.02560.2053-8.7726.502-23.031
30.4275-0.527-0.02141.2694-0.1673-0.18050.07110.1819-0.0518-0.52220.0693-0.2361-0.0684-0.0751-0.14040.3822-0.15610.10890.3673-0.11250.307714.817-7.967-19.922
40.1480.0759-0.06791.5116-1.1370.95770.059-0.05250.1301-0.02890.40310.4807-0.0055-0.1468-0.46210.1583-0.0364-0.11810.22820.0280.3119-14.785-3.253-1.984
50.1636-0.2161-0.09130.5976-0.05150.5839-0.1396-0.0887-0.0410.14610.1996-0.06950.22730.0343-0.060.14170.00690.02820.2872-0.05280.193815.43522.4581.732
60.7957-0.6985-1.00881.22731.07742.06470.01520.0716-0.00880.19750.13780.0244-0.0716-0.2058-0.15310.14730.09970.10710.17170.10040.1866-12.18947.83113.972
71.08060.3276-1.12280.5907-0.76541.77980.08530.03120.0021-0.0291-0.00380.0128-0.08540.1888-0.08150.0652-0.04350.08350.3063-0.02640.158324.05345.188-34.154
80.54150.44730.851.11451.22321.8725-0.1662-0.03710.0783-0.48380.05890.3032-0.2127-0.10740.10730.5896-0.2521-0.31760.18180.10650.1998-15.331-25.863-38.572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A132 - 452
2X-RAY DIFFRACTION2E745 - 1198
3X-RAY DIFFRACTION3F745 - 1198
4X-RAY DIFFRACTION4G745 - 1198
5X-RAY DIFFRACTION5H745 - 1198
6X-RAY DIFFRACTION6B132 - 452
7X-RAY DIFFRACTION7C132 - 452
8X-RAY DIFFRACTION8D132 - 452

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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