PDB-3o4j: Structure and Catalysis of Acylaminoacyl Peptidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o4j

タイトル

Structure and Catalysis of Acylaminoacyl Peptidase

要素

Acylamino-acid-releasing enzyme

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold / beta propeller / oligopeptidase / size selectivity

機能・相同性

機能・相同性情報

acylaminoacyl-peptidase / omega peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Harmat, V. / Domokos, K. / Menyhard, D.K. / Pallo, A. / Szeltner, Z. / Szamosi, I. / Beke-Somfai, T. / Naray-Szabo, G. / Polgar, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and Catalysis of Acylaminoacyl Peptidase: CLOSED AND OPEN SUBUNITS OF A DIMER OLIGOPEPTIDASE.
著者: Harmat, V. / Domokos, K. / Menyhard, D.K. / Pallo, A. / Szeltner, Z. / Szamosi, I. / Beke-Somfai, T. / Naray-Szabo, G. / Polgar, L.

履歴

登録	2010年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2021年10月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o4j.cif.gz	881.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o4j.ent.gz	738.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o4gC 3o4hC 3o4iC 2hu5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4re6-2 4re6-1 3o4g-2 3c1n-3 3c20-d 3o4g-1 2cdq-d 3o4h-1 3ohn-3 3o4i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acylamino-acid-releasing enzyme

B: Acylamino-acid-releasing enzyme

C: Acylamino-acid-releasing enzyme

D: Acylamino-acid-releasing enzyme

ヘテロ分子

253 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acylamino-acid-releasing enzyme

B: Acylamino-acid-releasing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Acylamino-acid-releasing enzyme

D: Acylamino-acid-releasing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.270, 227.524, 110.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.37, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D
1	3	A
2	3	C
1	4	B
2	4	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	3	A	A	6 - 21	6 - 21
2	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	3	C	C	6 - 21	6 - 21
1	2	1	LEU	LEU	GLU	GLU	3	A	A	322 - 580	322 - 580
2	2	1	LEU	LEU	GLU	GLU	3	C	C	322 - 580	322 - 580
1	1	2	PRO	PRO	ALA	ALA	3	B	B	6 - 21	6 - 21
2	1	2	PRO	PRO	ALA	ALA	3	D	D	6 - 21	6 - 21
1	2	2	LEU	LEU	SER	SER	3	B	B	322 - 340	322 - 340
2	2	2	LEU	LEU	SER	SER	3	D	D	322 - 340	322 - 340
1	3	2	ASP	ASP	GLU	GLU	3	B	B	342 - 580	342 - 580
2	3	2	ASP	ASP	GLU	GLU	3	D	D	342 - 580	342 - 580
1	1	3	TYR	TYR	LEU	LEU	3	A	A	25 - 187	25 - 187
2	1	3	TYR	TYR	LEU	LEU	3	C	C	25 - 187	25 - 187
1	2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	4	A	A	189 - 317	189 - 317
2	2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	4	C	C	189 - 317	189 - 317
1	1	4	TYR	TYR	LEU	LEU	3	B	B	25 - 317	25 - 317
2	1	4	TYR	TYR	LEU	LEU	3	D	D	25 - 317	25 - 317

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

The biological assembly is homodimer. One dimer consists of chains A and B, and the other dimer consists of chains C and D.

#1: タンパク質	Acylamino-acid-releasing enzyme / AARE / Acyl-peptide hydrolase / APH / Acylaminoacyl-peptidase 分子量: 63107.566 Da / 分子数: 4 / 変異: D524N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 遺伝子: APE_1547.1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YBQ2, acylaminoacyl-peptidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 170mM sodium acetate, 0.4mM EDTA, 10% dimethyl sulphoxide, 2.5% PEG 4000 , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8148 Å
検出器	タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月12日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111), horizontally focussing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 149375 / Num. obs: 149375 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.43
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique all: 16732 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Hydrolase and propeller domains of PDB entry 2HU5.

2hu5

解像度: 2.5→29.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 17.687 / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23589	7519	5 %	RANDOM
R_work	0.19914	-	-	-
all	0.20099	141856	-	-
obs	0.20099	141856	96.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17452	0	33	535	18020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	17965
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	12417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.748	1.974	24378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.12	3	30039
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.245	5	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.229	22.487	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.887	15	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.254	15	174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	20338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.642	1.5	11445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.354	1.5	4770
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.065	2	18333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.855	3	6520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.818	4.5	6033
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1606	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	1965	LOOSE POSITIONAL	0.1	5
1	A	1606	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
1	A	1965	LOOSE THERMAL	0.16	10
2	B	1581	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	B	1878	LOOSE POSITIONAL	0.13	5
2	B	1581	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
2	B	1878	LOOSE THERMAL	0.16	10
3	A	939	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
3	A	1667	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
3	A	1062	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
3	A	939	TIGHT THERMAL	0.67	0.5
3	A	1667	MEDIUM THERMAL	0.8	2
3	A	1062	LOOSE THERMAL	0.96	10
4	B	1700	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	B	1984	LOOSE POSITIONAL	0.08	5
4	B	1700	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
4	B	1984	LOOSE THERMAL	0.15	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.412	519	-
R_work	0.345	10589	-
obs	-	-	98.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4875	0.3444	-0.6158	1.8152	-0.1209	2.0207	-0.132	0.1256	0.0044	-0.3521	0.1681	0.1767	0.0804	-0.3727	-0.0361	0.2268	-0.2145	-0.0306	0.2845	-0.0208	0.1339	-38.7161	-12.1574	-39.166
2	1.6748	0.9444	-0.6865	2.1468	0.6791	2.685	-0.1758	0.1998	0.0472	-0.2323	0.1961	0.0316	0.022	-0.0717	-0.0203	0.0326	-0.0191	-0.0169	0.1068	-0.0012	0.1005	-19.9995	11.4554	-21.6441
3	1.405	-0.1534	-0.075	1.7691	-0.153	1.1558	0.0751	0.0482	-0.0637	-0.2044	-0.061	-0.0574	0.2717	0.1542	-0.0141	0.1157	0.083	0.0115	0.1457	-0.0039	0.0775	33.8684	0.4366	-37.2396
4	1.5289	0.5073	0.8146	3.0698	-1.1158	2.7182	-0.1191	0.0415	-0.2188	-0.2851	0.2159	0.3703	0.0191	-0.1221	-0.0968	0.1151	0.093	0.0118	0.1799	0.0235	0.2842	17.0992	-22.557	-17.1486
5	1.3218	0.5079	-0.6168	1.9723	-0.2233	2.2087	-0.2507	0.1211	-0.2325	-0.5058	0.1453	-0.3095	0.6878	0.1316	0.1054	0.4546	-0.1362	0.1464	0.2243	-0.1266	0.2621	-23.5215	-35.5086	-38.2769
6	1.7	-0.5429	0.4474	2.6938	-0.1785	1.4631	0.0508	0.0776	0.0004	-0.3148	-0.0276	0.338	-0.1494	-0.2214	-0.0232	0.0655	0.0569	-0.0483	0.1223	-0.0201	0.1407	-40.716	31.3309	-5.502
7	1.4061	0.1335	0.3455	1.1378	-0.2657	1.6703	-0.0141	0.0444	0.1014	-0.1434	-0.0221	0.0291	-0.0774	-0.0335	0.0363	0.0277	0.0146	-0.0109	0.0866	0.0085	0.083	19.3873	24.248	-34.3941
8	1.7032	-0.7392	-0.5782	2.9293	0.4437	1.7656	0.1303	0.105	-0.0039	-0.0971	0.0145	-0.079	0.0537	0.0631	-0.1447	0.1676	0.1143	-0.0195	0.1294	0.0705	0.1803	39.2274	-42.9765	-4.5539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	319 - 581
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 23
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	319 - 581
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 23
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	319 - 582
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 23
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	319 - 581
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	24 - 318
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	24 - 318
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	24 - 318
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	24 - 318

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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